Вы можете добавить javascript к событию OnClientClick() кнопки ... ключ должен вернуть значение false, если вы хотите отменить событие. Если вы вернете false, OnClick не будет срабатывать.
<asp:Button id="DeleteButton" runat="server" Text="Delete"
OnClick ="delete_clickhandler"
OnClientClick="return confirm('Are you sure you want to?');" />
В качестве альтернативы, вы можете вызвать метод в JavaScript
<asp:Button id="DeleteButton" runat="server" Text="Delete"
OnClick ="delete_clickhandler"
OnClientClick="return MyDeleteConfirm();" />
Где MyDeleteConfirm() делает что-то более сложное, но возвращает ложь, если вы не хотите, чтобы удалить.
Google FTW. Спас мой день. – DoStuffZ