2016-12-05 2 views
2

Я пытаюсь написать набор данных Spark в существующую таблицу postgresql (не могу изменить метаданные таблицы, такие как типы столбцов). Один из столбцов этой таблицы имеет тип HStore, и это вызывает проблемы.Как написать в PostgreSQL hstore с помощью Spark Dataset

я вижу следующее исключение, когда я запускаю запись (здесь исходная карта пуста, которая когда спасся дает пустую строку):

Caused by: java.sql.BatchUpdateException: Batch entry 0 INSERT INTO part_d3da09549b713bbdcd95eb6095f929c8 (.., "my_hstore_column", ..) VALUES (..,'',..) was aborted. Call getNextException to see the cause. 
    at org.postgresql.jdbc.BatchResultHandler.handleError(BatchResultHandler.java:136) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl$1.handleError(QueryExecutorImpl.java:419) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl$ErrorTrackingResultHandler.handleError(QueryExecutorImpl.java:308) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.processResults(QueryExecutorImpl.java:2004) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.flushIfDeadlockRisk(QueryExecutorImpl.java:1187) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.sendQuery(QueryExecutorImpl.java:1212) 
    at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.execute(QueryExecutorImpl.java:351) 
    at org.postgresql.jdbc.PgStatement.executeBatch(PgStatement.java:1019) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$.savePartition(JdbcUtils.scala:222) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$saveTable$1.apply(JdbcUtils.scala:300) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$saveTable$1.apply(JdbcUtils.scala:299) 
    at org.apache.spark.rdd.RDD$$anonfun$foreachPartition$1$$anonfun$apply$28.apply(RDD.scala:902) 
    at org.apache.spark.rdd.RDD$$anonfun$foreachPartition$1$$anonfun$apply$28.apply(RDD.scala:902) 
    at org.apache.spark.SparkContext$$anonfun$runJob$5.apply(SparkContext.scala:1899) 
    at org.apache.spark.SparkContext$$anonfun$runJob$5.apply(SparkContext.scala:1899) 
    at org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:70) 
    at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:86) 
    at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:274) 
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142) 
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:617) 
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:745) 
Caused by: org.postgresql.util.PSQLException: ERROR: column "my_hstore_column" is of type hstore but expression is of type character varying 

Это, как я это делаю:

def escapePgHstore[A, B](hmap: Map[A, B]) = { 
    hmap.map{case(key, value) => s""" "${key}"=>${value} """}.mkString(",") 
} 
... 
val props = new Properties() 
props.put("user", "xxxxxxx") 
props.put("password", "xxxxxxx") 

ds.withColumn("my_hstore_column", escape_pg_hstore_udf($"original_column")) 
    .drop("original_column") 
    .coalesce(1).write 
    .mode(org.apache.spark.sql.SaveMode.Append) 
    .option("driver", "org.postgresql.Driver") 
    .jdbc(jdbcUrl, hashedTablePartName, props) 

Если я не избежать original_column от Map [String, Long] в строку, используя escapePgHstore Я вижу следующие ошибки:

java.lang.IllegalArgumentException: Can't get JDBC type for map<string,bigint> 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$org$apache$spark$sql$execution$datasources$jdbc$JdbcUtils$$getJdbcType$2.apply(JdbcUtils.scala:137) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$org$apache$spark$sql$execution$datasources$jdbc$JdbcUtils$$getJdbcType$2.apply(JdbcUtils.scala:137) 
    at scala.Option.getOrElse(Option.scala:121) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$.org$apache$spark$sql$execution$datasources$jdbc$JdbcUtils$$getJdbcType(JdbcUtils.scala:136) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$7.apply(JdbcUtils.scala:293) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$$anonfun$7.apply(JdbcUtils.scala:292) 
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234) 
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:234) 
    at scala.collection.IndexedSeqOptimized$class.foreach(IndexedSeqOptimized.scala:33) 
    at scala.collection.mutable.ArrayOps$ofRef.foreach(ArrayOps.scala:186) 
    at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:234) 
    at scala.collection.mutable.ArrayOps$ofRef.map(ArrayOps.scala:186) 
    at org.apache.spark.sql.execution.datasources.jdbc.JdbcUtils$.saveTable(JdbcUtils.scala:292) 
    at org.apache.spark.sql.DataFrameWriter.jdbc(DataFrameWriter.scala:441) 
    at scala.Function0$class.apply$mcV$sp(Function0.scala:34) 
    at scala.runtime.AbstractFunction0.apply$mcV$sp(AbstractFunction0.scala:12) 
    at scala.App$$anonfun$main$1.apply(App.scala:76) 
    at scala.App$$anonfun$main$1.apply(App.scala:76) 
    at scala.collection.immutable.List.foreach(List.scala:381) 
    at scala.collection.generic.TraversableForwarder$class.foreach(TraversableForwarder.scala:35) 
    at scala.App$class.main(App.scala:76) 
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) 
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62) 
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43) 
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498) 
    at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.org$apache$spark$deploy$SparkSubmit$$runMain(SparkSubmit.scala:736) 
    at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.doRunMain$1(SparkSubmit.scala:185) 
    at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.submit(SparkSubmit.scala:210) 
    at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit$.main(SparkSubmit.scala:124) 
    at org.apache.spark.deploy.SparkSubmit.main(SparkSubmit.scala) 

Какой правильный способ сделать искру написать допустимый тип данных hstore?

ответ

2

Получается, что я просто хочу, чтобы postgres попытались угадать соответствующий тип моей колонки. Установив stringtype в unspecified в строке соединения, как описано в official documentation.

props.put("stringtype", "unspecified") 

Теперь он отлично работает !!

+1

Это работало большое для меня! Вы сохранили мне время, и это была единственная информация, которую я мог найти по этой теме. Тем не менее, я обнаружил еще одну ключевую вещь: колонка 'hstore', которую вы пишете, уже существует. Если «SaveMode», который использует Spark, установлен в «перезаписывать», Postgres никогда не получит возможность проанализировать текст в столбце «hstore»; Spark просто сообщает Postgres, что это столбец «text». – mtrewartha

0

Это код pyspark для записи DataFrame в таблицу Postgres, в которой есть столбцы HSTORE JSON и JSONB. Таким образом, в общем случае для любых сложных типов данных, которые были созданы в Postgres, которые не могут быть созданы в Spark Dataframe, вам необходимо указать stringtype="unspecified" в параметрах или свойствах, которые вы устанавливаете для любой функции DataFrame для записи в SQL.

Ниже приведен пример написания Спарк Dataframe к PostgreSQL таблицы с помощью функции write():

dataframe.write.format('jdbc').options(driver=driver,user=username,password=password, url=target_database_url,dbtable=table, stringtype="unspecified").mode("append").save() 
Смежные вопросы