Вы не можете решить эту проблему, не зная платформы вашего компьютера (где работает приложение) и удаленной машины. Но как только вы знаете, что у вас много возможностей.
Агент полное решение
Установка агента на удаленной машине. Агент должен предоставить API, который позволяет получить доступ к файлам. Например, вы можете использовать FTP-сервер в качестве агента. Затем получите доступ к этому серверу и загрузите файлы. В качестве альтернативы вы можете реализовать свое собственное приложение или сервлет, работающий в одном из доступных контейнеров сервлетов, и предоставить доступ к файлам через HTTP.
Агент-менее решение
Использование встроенной функциональности целевой машины. Например, используйте SSH для подключения к Unix-машине и SMB для окон. Обе поддержки Telnet Вы можете использовать пакет VFS из jakarta. Существует несколько реализаций SSH. Я рекомендую JSH.
Вы используете «общий» и «http/ftp» в том же вопросе - они разные. Общий доступ подразумевает доступ через NFS или Samba, где файлы эффективно локальны (насколько это касается программы). – trojanfoe