Если при изменении размера вы имеете в виду масштабирование изображения с помощью функции resize() следующим образом:
resize(src, dst, dst.size(), 0, 0, interpolation);
В противном случае, если вам просто нужно изменить количество строк вашего Мат использовать функцию Mat::reshape(). Обратите внимание, что Reshape возвращает новый Mat заголовок:
cv::Mat dst = src.reshape (0, newRowVal);
Наконец, если вы хотите, чтобы произвольно изменить форму Mat (изменение строк и COLS), вы, вероятно, необходимо определить новый Mat с размерами назначения и скопировать Src Mat к нему:
Mat dst(newRowVal, newColVal, src.type());
src.setTo(0);
src.copyTo(dst(Rect(Point(0, 0), src.size())));