R Mysql БДСВЯЗЬ параметры

Question

Я бегу процедуру R, которые подключаются к MySQL базы данных с использованием пакета RMySQL, и все работает хорошо. Но сейчас я хочу, чтобы выполнить ту же процедуру корыто RSCRIPT и хотите передать параметры соединения, как этот

library(RMySQL) 
con_str <- "MySQL(), user = 'root', password = '', dbname = 'nepal_statagri', host = 'localhost'" (this is the string I want to pass as a parameter to RScript) 
mysqlconnection = dbConnect(con_str) 

, но он не работает, и я получаю сообщение:

«Ошибка в (функция (классы, FDEF, mtable):. Не удается найти унаследованный метод для функции 'БДСВЯЗЬ' для подписи ' "символ"'»

Что с а я?

Answer 1

Как указывает сообщение об ошибке, вы пытаетесь подключиться к своей базе данных, передав ей вектор символов. Это не сработает.

Одним из вариантов было бы использовать правильный синтаксис в скрипте:

library(RMySQL) 
mysqlconnection <- dbConnect(RMySQL::MySQL(), 
          user = 'root', 
          password = '', 
          dbname = 'nepal_statgri', 
          host = 'localhost') 

Однако уже об использовании Rscript. Поэтому я понимаю, что вы заинтересованы в том, чтобы иметь R-файл, который не хранит сведения о вашем соединении, но вместо этого вы хотите передать эти данные в качестве аргументов из терминала оболочки.

Один из вариантов заключается в использовании пакета docopt, который позволяет легко создавать интерфейсы командной строки для ваших R-скриптов. Например, если вы сохраните следующее в файле connect_mysql.R:

'usage: connect_mysql.R [--user <user> --password <pwd> --db <database> --host <host>] 

options: 
    --user username 
    --password password 
    --db database 
    --host host 
' -> doc 

library(docopt) 
library(RMySQL) 

opts <- docopt(doc) 

con <- dbConnect(RMySQL::MySQL(), 
      username = opts$user, 
      password = opts$password, 
      dbname = opts$db, 
      host = opts$host) 
dbListTables(con) 
dbDisconnect(con) 

тогда вы сможете вызвать его, используя Rscript и передать свои данные соединения:

Rscript connect_mysql.R --user root --password password --db nepal_statgri --host localhost