Методы вызова с использованием родительского класса

Question

Я очень новичок в объектно-ориентированном программировании, и у меня возникают проблемы с тем, как управлять связью между классами, у которых есть связанные данные.

Я пытаюсь представить некоторую геномную информацию о серии организмов, которые я в конечном итоге собираюсь сравнить. Таким образом, у меня есть Species класс:

class Species(object): 
    def __init__(self, species_name, genes={}, contigs={}): 
     self.species_name = species_name 
     self.genes = genes 
     self.contigs = contigs 

Тогда я хотел бы иметь Gene класс,

class Gene(object): 
    def __init__(self, locus_tag, annotation, dna_seq, aa_seq): 
     self.locus_tag = locus_tag 
     self.annotation = annotation 
     self.dna_seq = dna_seq 
     self.aa_seq = aa_seq 

Идея заключается в том, что genes метод Species будет словарь Gene объектов, где ключ locus_tagGene. Я думаю, что знаю, как реализовать эту часть.

Но одна из вещей, которые я хотел бы быть в состоянии сделать, это вызвать функцию на Gene объект, который требует зная, что Species это в (он будет выводить структуру файла, который включает в себя species_name и locus_tag, но они исходя из двух различных классов. Проще всего я могу думать о том, чтобы добавить species_name непосредственно к Gene класса, но так как каждый Gene будет находиться в пределах Species, это кажется излишним.

Я даже не уверен, где для начала - я довольно много искал, но другие вопросы, которые я нашел, либо не актуальны, либо я недостаточно понимаю, чтобы понять Леванс.

Answer 1

Создание Gene объектов, а затем создать Species объект, передавая словарь для genes, а затем обновить Gene объектов, установив экземпляр Species к нему, например, так:

for gene in genes: 
    gene.species = species 

После этого каждый Gene экземпляра (gene) может ссылаться на свой объект Species, выполнив self.species или, например, self.species.species_name, чтобы получить имя.

Answer 2

Как правило, я не делаю то, что вы описали. Он создает круговую ссылку, которой следует избегать, когда это возможно. Объекты должны иметь иерархическую взаимосвязь. Вы должны попытаться найти способ сохранить ген и ссылку на вид вместе, где вам может потребоваться сериализация.

Для того, чтобы сериализовать ген, вы можете написать функцию, которая принимает вид и ген в качестве аргументов. например.

# if using python 2 (I think you might be) 
from __future__ import print_function 

class Species(object): 
    def __init__(self, species_name, genes={}, contigs={}): 
     self.species_name = species_name 
     self.genes = genes 
     self.contigs = contigs 

    def serialise(self, fileobj): 
     for gene in self.genes.values(): 
      self.serialise_gene(gene, fileobj) 

    def serialise_gene(self, gene, fileobj): 
     print(self.name, gene.locus_tag, sep=", ", file=fileobj) 
     # prints "name, locus_tag" to the file 

s = Species("homo erectus") 
with open("some_file.txt", "w") as f: 
    s.serialise(f)