использовать sed с переменными в скрипте python, используя подпроцесс

Question

Я хотел бы использовать sed или tr внутри скрипта python, чтобы ввести идентификатор в файле fastafile.

Я пробовал это, но это говорит SyntaxError:

subprocess.call(['sed\'s/>/>'+identifier+'/g\' <'+path+'>transcriptome')],shell=True)

где идентификатор и пути являются переменными. Он должен быть частью цикла, где для каждого идентификатора и введенного пути он должен изменить типичный формат fasta:> isotig123 to> IDisotig123. Каждый из них имеет соответствующий идентификатор.

Спасибо.

Answer 1

Попробуйте

subprocess.call(['sed -e "s/>/>'+identifier+'/g" '+path+' >transcriptome')],shell=True) 

• заменить \' на " вокруг SED действия
• заменить < со ссылкой прямой файл
• добавить -e использовать команду Действие

Предполагая, что идентификатор делает не содержат конкретных al char &, , / как в вашем образце

Answer 2

Между командой sed и ее аргументами отсутствует пробел. Попробуйте следующее:

subprocess.call(['sed \'s/>/>'+identifier+'/g\' <'+path+'>transcriptome')],shell=True)