Отчасти зависит от того, как вы хотите сохранить его в файле. Вы можете вызвать модуль файловой системы, родной из nodeJS, который делает много вещей с файлом.
Перед этим, чтобы проверить, существует ли файл, вы можете использовать fs.stat, передавая имя файла, проверяя обратный вызов.
Итак, скажем, вы хотите просто сохранить массив как есть. Вы можете передать его аргументом как это:
const fs = require("fs");
let array = [[1,2,3],[34,9,10,50],[1,2,3]];
fs.writeFile('save1.txt',array,(data)=>{
console.log('done');
});
Но если хотите, чтобы сделать некоторую обработку для каждой основной позиции массива, может быть, вам нужно перебрать этот массив и вызвать ту же функцию, каждый раз.
Более подробную информацию можно найти на NodeJS файловой системы документации https://nodejs.org/api/fs.html