шаблона в R, используя grepl

Question

У меня есть dataframe dat как этого

P pedigree cas 1 M rs2745406 T 2 M rs6939431 A 3 M SNP_DPB1_33156641 G 4 M SNP_DPB1_33156664_G P 5 M SNP_DPB1_33156664_A A 6 M SNP_DPB1_33156664_T A

Я хочу, чтобы исключить все строки, где pedigree столбца запускается с SNP_ и заканчивается либо G, C, T или A (_[GCTA]). В этом случае это будут строки 4,5,6.

Как я могу достичь этого в R? Я попытался

multisnp <- which(grepl("^SNP_*_[GCTA]$", dat$pedigree)=="TRUE")

new_dat <- dat[-multisnp,]

Мой multisnp вектор пуст, но я не могу понять, как это исправить, так что он соответствует шаблону, я хочу. Я думаю, что это неправильное использование моего шаблона *.

Answer 1

Вы можете использовать следующие с .*? (сопрягать все в странах, не жадного пути):

multisnp <- which(grepl("^SNP_.*?_[GCTA]$", dat$pedigree)) 
           ^^^ 

Answer 2

Вы можете Подмножество dat как этот

new_dat <- dat[!grepl("^SNP_.*_[GCTA]$", dat$pedigree), ] 

Что касается кода, который вы пытались, я Не уверен, что grepl("^SNP_*_[GCTA]$") будет выполнен без ошибок, поскольку вы не проходите мимо в x вектор до grepl. См. ?grepl для получения дополнительной информации.