Как использовать блядный инструмент для поиска гена в геноме?

Question

Мне нужно работать с бляд-инструментом. Мне нужно найти начальную и конечную позиции некоторых генов в геноме. Я загрузил инструмент по ссылке ниже: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html, файл blat + blatSrc.zip. Я не знаю, как запустить его. Руководство пользователя можно найти по следующей ссылке: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html

Может ли кто-нибудь сказать мне, пожалуйста, какую команду мне нужно написать, чтобы получить мой результат?

Спасибо.

Answer 1

Основная команда: блат запрос к базе данных output.psl

Например, если вы хотите найти в определенной последовательности в геноме человека ваша команда может быть: блат hg19.fa query_sequence.fa выход. psl

Подробнее см. здесь: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html