Визуализация цвета для разных частей диаграммы

Question

У меня есть данные по выражению гена в разных частях корней растений (см. Изображение), и я хочу показать уровни экспрессии генов в разных частях корней. Например, если ген высоко экспрессируется в апикальной меристеме, я хочу отметить апикальную меристему на схеме красной. Одна из возможностей состоит в том, чтобы сделать диаграмму картой, есть ли у кого-нибудь предложение, как сделать диаграмму карте в R? Или, если вы знаете какой-либо инструмент для этой цели, пожалуйста, дайте мне знать. Спасибо!

The plant root structure

Answer 1

Вы можете сделать свои собственные полигоны для разделения областей с помощью the raster package. Или, this post может обеспечить лучший способ сделать это.

Затем вы можете создать карту тепла и цвет внутри полигонов. Скажем, с ggplot2::geom_polygon()

Чтобы сделать его еще лучше, вы можете использовать исходное изображение в качестве фона, а затем наложить карту тепла с некоторой прозрачностью (т.е. alpha аргумента в ggplot2), так что вы можете увидеть цветную карту тепла и некоторые оригинальные изображения. См. this post для получения дополнительной информации, или this post, если вам нравятся смешные картинки