lme4 установки пакета неудачу на Ubuntu 12.04

Question

EDIT:

Большое спасибо user20650, чей ответ решил эту проблему. Но если кто знает , почему файл .Rprofile влияет на lme4 установить на Ubuntu 12.04, пожалуйста, сообщите, потому что я действительно хотел бы знать.

---

Оригинальное сообщение:

Я пытаюсь установить doBy пакет, и я некоторые проблемы. Это зависит от lme4, который по какой-то причине не компилируется из любого источника, который я пробовал до сих пор. Я был в нескольких ссылках на SO, включая this one и не имел никакого успеха.

Вот фрагменты ошибок, которые я получаю при установке. Я попробовал три разных способа, как указано ниже. Кто-нибудь знает, что-то с lme4?

Попытка 1:

> install.packages('doBy') 
# ... 
# ERROR: compilation failed for package ‘lme4’ 
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’ 
# Warning in install.packages : 
# installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status 
# 
# Successfully loaded .Rprofile at Wed May 21 13:33:34 2014 
# ERROR: dependency ‘lme4’ is not available for package ‘doBy’ 
# * removing ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/doBy’ 
# Warning in install.packages : 
# installation of package ‘doBy’ had non-zero exit status 

Попытка 2:

> install.packages("lme4",repos = "http://r-forge.r-project.org") 
# Installing package into ‘/home/richard/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ 
# (as ‘lib’ is unspecified) 
# Warning in install.packages : 
# package ‘lme4’ is not available (for R version 3.1.0) 

Попытка 3:

> install_github(repo = 'lme4/lme4', username = 'stevencarlislewalker') 

---

Запуск Ubuntu 12.04 LTS

> version 
# _       
# platform  x86_64-pc-linux-gnu   
# arch   x86_64      
# os    linux-gnu     
# system   x86_64, linux-gnu   
# status          
# major   3       
# minor   1.0       
# year   2014       
# month   04       
# day   10       
# svn rev  65387      
# language  R       
# version.string R version 3.1.0 (2014-04-10) 
# nickname  Spring Dance  

Answer 1

Это (возможно) не может быть ответом на Q. Ричарда, но реплицирует проблему, у меня была установка lme4 на ubuntu 12,04 на Rv3.1.Было бы хорошо, если бы другие могли воспроизвести это.

Так вслед за мой комментарий - заметив, что Ричард был .Rprofile, определяя .First и .Last в моей .Rprofile вызвал пакеты не установить.

Exmaple

Первый деинсталлировать lme4

remove.packages("lme4") 

Определение .Rprofile файл

## .First() run at the start of every R session. 
.First <- function() { 
cat("\nSuccessfully loaded your .Rprofile at", date(), "\n") 
} 

## .Last() run at the end of the session 
.Last <- function() { 
cat("\nGoodbye at ", date(), "\n") 
} 

Открыть R

Попробуйте инсталляционный lme4 - не успех & подобную ошибку Ричарда выше

install.packages("lme4") 

... 
* removing ‘/home/admin1/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/lme4’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status 

Так переименовать (или удалить) .Rprofile файл в терминале

mv .Rprofile temp.Rprofile 

Открыть R снова и попытаться установка lme4

install.packages("lme4") 

... 
* installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (lme4) 

library(lme4) 
# Loading required package: Matrix 
# Loading required package: Rcpp 

Answer 2

на основе ваших комментариев и расширенные вопросы:

• Вы стреляете себе в ногу, установив R 3.1.0 на Ubuntu 12.04 ,

• Теперь вы запускаете R, который не синхронизирован с пакетами, такими как r-cran-lme4 в дистрибутиве.

• Хорошая новость заключается в том, что вы можете задать распределение для получения информации о так называемой Строить-Depends он знает, и перестраивать lme4 под R 3.1.0

• Или может извлечь выгоду из другой работы Майкла над на Launchpad и использовать его другой репозиторий, который является то, что, например, код г-Трэвис делает: sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter" а затем и sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"

Это последний шаг даст вам нагрузки готовых пакетов. В конечном итоге вам, конечно, лучше быть в состоянии создавать пакеты из источника самостоятельно ...

Answer 3

Это была ошибка, должно быть исправлено this commit в разрабатываемой версии (на Github) и в версии 1.1-7, когда он выйдет (скоро?)

Answer 4

sudo apt-get install r-base-dev 

решить эту проблему для меня