BioPython: IOError: [Errno 2] Нет такого файла или каталога

Question

Я пытаюсь преобразовать файл FASTQ (сгенерированный из файла последовательности Illumina Miseq сопряженного генома) в FASTA и в конечном итоге преобразовать его в Genbank с использованием аннотированной ссылочной последовательности. Я следую инструкциям из учебника Biopython. Вот мой код и ошибка.

from Bio import SeqIO 
records = SeqIO.parse("~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/YZ1_S11_L001_R1_001.fastq", "fastq") 
count = SeqIO.write(records, "~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/∆bcdpseudo.fasta", "fasta") 

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/Users/ryanjhope/Documents/anaconda/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 468, in write 
    with as_handle(handle, mode) as fp: 
    File "/Users/ryanjhope/Documents/anaconda/lib/python2.7/contextlib.py", line 17, in __enter__ 
    return self.gen.next() 
    File "/Users/ryanjhope/Documents/anaconda/lib/python2.7/site-packages/Bio/File.py", line 90, in as_handle 
    with open(handleish, mode, **kwargs) as fp: 
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_\xe2\x88\x86pyrE_\xe2\x88\x86bcd_Deepseq/\xe2\x88\x86bcdpseudo.fasta' 

Answer 1

отслеживающий ваш друг:

IOError: [Errno 2] No such file or directory: '~/Users/ryanjhope ... 

и дальше:

File "/Users/ryanjhope/Documents/anaconda/lib/python2.7/site-packages/Bio/File.py", line 90, in as_handle 

Это '~/Users/ против «/ Users /`

Изменяет следующие строки:

records = SeqIO.parse("~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/YZ1_S11_L001_R1_001.fastq", "fastq") 
count = SeqIO.write(records, "~/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/∆bcdpseudo.fasta", "fasta") 

в:

records = SeqIO.parse("/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/YZ1_S11_L001_R1_001.fastq", "fastq") 
count = SeqIO.write(records, "/Users/ryanjhope/Documents/PhD/DNA_Sequences/Genome/C. aceto_∆pyrE_∆bcd_Deepseq/∆bcdpseudo.fasta", "fasta") 

и повторите попытку.