Создание функции в R

Question

Я хочу построить функцию R для следующего фрагмента кода, который отображает график.

ERO1B <- plotCounts(dds, gene="ERO1B", intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
ERO1B$gene="ERO1B" 

SLC4A10 <- plotCounts(dds, gene="SLC4A10", intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
SLC4A10$gene="SLC4A10" 

ggplot(rbind(ERO1B,SLC4A10), aes(x=factor(treat), y=count))+geom_boxplot(aes(fill=gene))+facet_wrap(~gene, scales="free") 

Если мне нужно добавить еще один элемент, я сейчас делаю,

ERO1B <- plotCounts(dds, gene="ERO1B", intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
ERO1B$gene="ERO1B" 

SLC4A10 <- plotCounts(dds, gene="SLC4A10", intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
SLC4A10$gene="SLC4A10" 

G6PC2 <- plotCounts(dds, gene="G6PC2", intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
G6PC2$gene="G6PC2" 

ggplot(rbind(ERO1B,SLC4A10,G6PC2), aes(x=factor(treat), y=count))+geom_boxplot(aes(fill=gene))+facet_wrap(~gene, scales="free") 

Я хотел бы иметь функцию, которая принимает вектор (любой длины) c("ERO1B","SLC4A10","G6PC2") и итерацию, хотя вектор и участки:

plotGeneCounts <- function (dds, genes) { 

    for (i in 1:length(genes)) { 

    i <- plotCounts(dds, gene=genes[i], intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
    i$gene=genes[i] 
    gene_vec <- c("") 
    gene_vec <- gene_vec+i 

    } 
ggplot(rbind(gene_vec), aes(x=factor(treat), y=count))+geom_boxplot(aes(fill=gene))+facet_wrap(~gene, scales="free") 
} 

Answer 1

Прежде всего: это очень трудно догадаться, что пошло не так без сообщения об ошибке и воспроизводимый пример. Вот почему вы получили ноль ответов до сих пор ...

Но если бы мне пришлось догадку, что вы делаете неправильно:

plotGeneCounts <- function (dds, genes) { 

    for (i in 1:length(genes)) { 
    i <- plotCounts(dds, gene=genes[i], intgroup="treat", transform=TRUE, returnData=TRUE) 
    i$gene=genes[i] 
    if (exist("gene_vec")){ 
     gene_vec <- rbind(gene_vec,i) 
    } else { 
     gene_vec <- i 
    } 
    } 
    ggplot(gene_vec, aes(x=factor(treat), y=count))+geom_boxplot(aes(fill=gene))+facet_wrap(~gene, scales="free") 
} 

Примечание это не очень эффективный код (Кардинал грех растущего объекта там). Но это может заставить вас идти.