Rpy2 не может найти мои R-библиотеки при установке

Question

R построен из источника, установленного локально. R находится в ~/bin/R (что находится в моем PATH), а его библиотеки находятся в ~/lib64/R/. Установка rpy2 должна быть простой. Он находит правильное R просто прекрасным (так как он находится на пути). Тогда он не может найти библиотеки.

$python setup.py build install 
R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut" 

... 

setup.py:211: UserWarning: No include specified 
    warnings.warn('No include specified') 
setup.py:222: UserWarning: No libraries as -l arguments to the compiler. 
    warnings.warn('No libraries as -l arguments to the compiler.') 

    Compilation parameters for rpy2's C components: 
     include_dirs = [] 
     library_dirs = [] 
     libraries  = [] 
     extra_link_args = [] 

И затем мы получаем миллион ошибок, которые не могут найти функции, которые находятся в библиотеках R.

Rpy2-х documentation says есть простой вариант для обозначения, где R или его библиотеки:

python setup.py build --r-home ~/lib64/R/lib install 

Но если вы сделаете это, то вы получите:

setup.py:222: UserWarning: No libraries as -l arguments to the compiler. 
    warnings.warn('No libraries as -l arguments to the compiler.') 

    Compilation parameters for rpy2's C components: 
     include_dirs = [] 
     library_dirs = [] 
     libraries  = [] 
     extra_link_args = [] 

usage: setup.py [global_opts] cmd1 [cmd1_opts] [cmd2 [cmd2_opts] ...] 
    or: setup.py --help [cmd1 cmd2 ...] 
    or: setup.py --help-commands 
    or: setup.py cmd --help 

error: option --r-home not recognized 

Похоже, что --r-home функциональность имеет были удалены. Как указать rpy2 на правильные библиотеки?

---

Edit:

ли теперь установлен R с:

./configure --prefix=${HOME} --enable-R-shlib 
make 
make install 

После этого, я могу установить rpy2 только с pip install rpy2. Но тогда мы все еще есть библиотечные проблемы:

import rpy2.robjects as robjects 
ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory 

Итак мне нужно, чтобы добавить это мой путь:

export LD_LIBRARY_PATH="~/lib64/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH" 

И тогда все работает!

Answer 1

Если R находится в нетрадиционном месте, самым простым может быть помощь в настройке переменных окружения (более старые версии документа говорят о --r-home, но это был менее проверенный угол, и он был удален).

Try:

export PATH=~/bin/R:${PATH} 
export LD_LIBRARY_PATH=~/lib64/R/lib:${LD_LIBRARY_PATH} 
export PKG_CONFIG_PATH=~/lib64/R/lib/pkgconfig/:${PKG_CONFIG_PATH} 

Answer 2

У меня был лучший успех здания rpy2 с нестандартными местах R, используя следующий относительный путь во время установки:

export LDFLAGS="-Wl,-rpath,~/lib64/R/lib" 

Обратите внимание, что вам нужно только для экспорта это в терминале, где вы затем запускаете python setup.py install, а не в своем .bashrc или тому подобное. Он сохранит этот путь библиотеки в компилируемых частях rpy2.

Это имхо лучший вариант, чем LD_LIBRARY_PATH, которые некоторые считают злом:

https://blogs.oracle.com/ali/entry/avoiding_ld_library_path_the

http://linuxmafia.com/faq/Admin/ld-lib-path.html