Это означает, что рекомендуется создать отдельный файл конфигурации в каталоге config.d (который находится по тому же пути, что и текущий файл конфигурации, поэтому по умолчанию /etc/clickhouse-server/config.d/).
«Рассмотрение обновлений пакета» означает, что если вы обновите пакет clickhouse-server, он может перезаписать файл /etc/clickhouse-server/config.xml, поэтому вы не должны вносить туда никаких изменений - это будет переписан и потерян.
Это говорит так in the documentation:
Основной файл конфигурации сервера является 'config.xml'. Он находится в каталоге/etc/clickhouse-server /. Некоторые настройки могут быть переопределены в файлах * .xml и * .conf из каталогов 'conf.d' и 'config.d' рядом с конфигурацией.
Таким образом, вам необходимо создать каталог /etc/clickhouse-server/config.d/; затем создайте там конфигурационный файл (например, config.xml, my_config.conf или что-то еще). Там вы должны выполнить все свои пользовательские настройки, которые отличаются от исходного файла /etc/clickhouse-server/config.xml.
Например, вы можете изменить HTTP-порт от 8123 до 8663:
# cat /etc/clickhouse-server/config.d/test.xml
<?xml version="1.0"?>
<yandex>
<http_port>8663</http_port>
</yandex>
Пожалуйста, убедитесь, что перезапустить демон (если вы используете Ubuntu, это sudo service clickhouse-server restart) для изменения конфигурации для применения.