2015-03-27 1 views
1

Мне нужно преобразовать два (только нижний треугольник + диагональные значения) .csv матрицы расстояний до dist objects для выполнения Mantel test. Хотя as.dist (matrixname), похоже, работает, моя первая строка исчезает, так что расстояние matrix смещено на одну строку. FYI, мои метки столбцов и строк - это трехбуквенные коды, а не числа. Может ли это быть проблемой?При преобразовании матрицы в объект dist первый ряд исчезает

Я использовал следующие команды:

fst <- read.csv("fst.csv",row.names=1) fst.dist <- as.dist(fst)

Когда я прочитал в файле .csv, все выглядит нормально.

+1

Пытались ли вы с 'DIAG = true'? – jbaums

+0

Вот и все! Благодаря! – Olivia

ответ

0

Вам необходимо добавить diag=TRUE к вашему звонку as.dist.

Например:

d <- read.table(text='0 1 2 
         1 0 3 
         2 3 0') 

as.dist(d) 

# V1 V2 
# V2 1 
# V3 2 3 

as.dist(d, diag=TRUE) 

# V1 V2 V3 
# V1 0  
# V2 1 0 
# V3 2 3 0 
Смежные вопросы