Интерактивные HTML-графики из Bokeh Python в латекс

Question

Я хотел бы встроить интерактивный HTML-график (например, http://bokeh.pydata.org/en/0.10.0/docs/gallery/burtin.html)
в pdf-документ, который я создал с использованием латекса. Я могу вставлять графики на основе matplotlib в свой документ, используя pythontex. Однако я не вставляю графики на основе html, как показано выше.

Я был бы чрезвычайно признателен за любые идеи. Пока они позволяют мне внедрять интерактивные графики, я открыт для использования платформ, отличных от латекса (даже Microsoft Word), за исключением ноутбуков Python. Я вставляю свой код ниже. Большое вам спасибо за ваше время.

\documentclass[11pt]{article} 
\usepackage[utf8]{inputenc} 
\usepackage{amsmath} 
\usepackage{amsfonts} 
\usepackage{amssymb} 
\usepackage{pythontex} 
\usepackage{graphicx } 

\begin{document} 


\begin{pycode} 
from collections import OrderedDict 
from math import log, sqrt 

import numpy as np 
import pandas as pd 
from six.moves import cStringIO as StringIO 

from bokeh.plotting import figure, show, output_file 

antibiotics = """ 
bacteria,      penicillin, streptomycin, neomycin, gram 
Mycobacterium tuberculosis,  800,  5,   2,  negative 
Salmonella schottmuelleri,  10,   0.8,   0.09,  negative 
Proteus vulgaris,    3,   0.1,   0.1,  negative 
Klebsiella pneumoniae,   850,  1.2,   1,  negative 
Brucella abortus,    1,   2,   0.02,  negative 
Pseudomonas aeruginosa,   850,  2,   0.4,  negative 
Escherichia coli,    100,  0.4,   0.1,  negative 
Salmonella (Eberthella) typhosa, 1,   0.4,   0.008, negative 
Aerobacter aerogenes,   870,  1,   1.6,  negative 
Brucella antracis,    0.001,  0.01,   0.007, positive 
Streptococcus fecalis,   1,   1,   0.1,  positive 
Staphylococcus aureus,   0.03,  0.03,   0.001, positive 
Staphylococcus albus,   0.007,  0.1,   0.001, positive 
Streptococcus hemolyticus,  0.001,  14,   10,  positive 
Streptococcus viridans,   0.005,  10,   40,  positive 
Diplococcus pneumoniae,   0.005,  11,   10,  positive 
""" 

drug_color = OrderedDict([ 
("Penicillin", "#0d3362"), 
("Streptomycin", "#c64737"), 
("Neomycin",  "black" ), 
]) 

gram_color = { 
    "positive" : "#aeaeb8", 
    "negative" : "#e69584", 
} 

df = pd.read_csv(StringIO(antibiotics), 
skiprows=1, 
skipinitialspace=True, 
engine='python') 

width = 800 
height = 800 
inner_radius = 90 
outer_radius = 300 - 10 

minr = sqrt(log(.001 * 1E4)) 
maxr = sqrt(log(1000 * 1E4)) 
a = (outer_radius - inner_radius)/(minr - maxr) 
b = inner_radius - a * maxr 

def rad(mic): 
return a * np.sqrt(np.log(mic * 1E4)) + b 

big_angle = 2.0 * np.pi/(len(df) + 1) 
small_angle = big_angle/7 

x = np.zeros(len(df)) 
y = np.zeros(len(df)) 

output_file("burtin.html", title="burtin.py example") 

p = figure(plot_width=width, plot_height=height, title="", 
x_axis_type=None, y_axis_type=None, 
x_range=[-420, 420], y_range=[-420, 420], 
min_border=0, outline_line_color="black", 
background_fill="#f0e1d2", border_fill="#f0e1d2") 

p.line(x+1, y+1, alpha=0) 

# annular wedges 
angles = np.pi/2 - big_angle/2 - df.index.to_series()*big_angle 
colors = [gram_color[gram] for gram in df.gram] 
p.annular_wedge(
x, y, inner_radius, outer_radius, -big_angle+angles, angles, color=colors, 
) 

# small wedges 
p.annular_wedge(x, y, inner_radius, rad(df.penicillin), 
-big_angle+angles+5*small_angle, -big_angle+angles+6*small_angle, 
color=drug_color['Penicillin']) 
p.annular_wedge(x, y, inner_radius, rad(df.streptomycin), 
-big_angle+angles+3*small_angle, -big_angle+angles+4*small_angle, 
color=drug_color['Streptomycin']) 
p.annular_wedge(x, y, inner_radius, rad(df.neomycin), 
-big_angle+angles+1*small_angle, -big_angle+angles+2*small_angle, 
color=drug_color['Neomycin']) 

# circular axes and lables 
labels = np.power(10.0, np.arange(-3, 4)) 
radii = a * np.sqrt(np.log(labels * 1E4)) + b 
p.circle(x, y, radius=radii, fill_color=None, line_color="white") 
p.text(x[:-1], radii[:-1], [str(r) for r in labels[:-1]], 
text_font_size="8pt", text_align="center", text_baseline="middle") 

# radial axes 
p.annular_wedge(x, y, inner_radius-10, outer_radius+10, 
-big_angle+angles, -big_angle+angles, color="black") 

# bacteria labels 
xr = radii[0]*np.cos(np.array(-big_angle/2 + angles)) 
yr = radii[0]*np.sin(np.array(-big_angle/2 + angles)) 
label_angle=np.array(-big_angle/2+angles) 
label_angle[label_angle < -np.pi/2] += np.pi # easier to read labels on the left side 
p.text(xr, yr, df.bacteria, angle=label_angle, 
text_font_size="9pt", text_align="center", text_baseline="middle") 

# OK, these hand drawn legends are pretty clunky, will be improved in future release 
p.circle([-40, -40], [-370, -390], color=list(gram_color.values()), radius=5) 
p.text([-30, -30], [-370, -390], text=["Gram-" + gr for gr in gram_color.keys()], 
text_font_size="7pt", text_align="left", text_baseline="middle") 

p.rect([-40, -40, -40], [18, 0, -18], width=30, height=13, 
color=list(drug_color.values())) 
p.text([-15, -15, -15], [18, 0, -18], text=list(drug_color.keys()), 
text_font_size="9pt", text_align="left", text_baseline="middle") 

p.xgrid.grid_line_color = None 
p.ygrid.grid_line_color = None 

show(p) 

\end{pycode} 

\begin{center} 
\includegraphics[width=1\textwidth]{burtin.html} 
\end{center} 

\end{document} 

Answer 1

По Bokeh 0.12.1 это не представляется возможным. Хотя Bokeh - это библиотека «Python», она была разработана и задумана с целью упрощения интерактивной визуализации в браузере. Соответственно, он имеет большой компонент JavaScript (где вся работа выполняется, на самом деле) и требует запуска работающего механизма JavaScript (т. Е. Веб-браузера).

Существует «инструмент сохранения», который позволит вам сохранить PNG с веб-страницы, щелкнув по кнопке вручную, но это все. В настоящее время нет способа генерировать какой-либо статический вывод изображения программно или без привлечения веб-браузера.

open GitHub issue вы можете следить за новостями об этом запросе.