FDR сравнения двух векторов

Question

Нам дана матрица с двумя столбцами (образцы, условия эксперимента) и n строк (например, генов), и мы стремимся идентифицировать гены, которые значительно изменились (при определенном FDR) между двумя образцами.

Как это сделать, используя R?

Ниже приведен пример из fdrtool пакета руководства, который показывает, как вычислить FDR из вектора р-значений:

library("fdrtool") 
data(pvalues) 
fdr = fdrtool(pvalues, statistic="pvalue") 
fdr$qval # estimated Fdr values 
fdr$lfdr # estimated local fdr 

Но проблема в том, что у нас есть только два вектора наблюдений здесь, а не р -значения. Есть идеи?

Вот выборочные данные, которые могут быть использованы: foo <- matrix(runif(1000), ncol=2)

Я предполагаю, что у нас нет никакой повторности информации, р-значения и т.д. Но наверняка гены, которые имеют далеко разные значения между двумя образцами должны точно более убедительные доказательства. Есть ли способ назначить FDR в этом состоянии?

Answer 1

Если у вас есть один образец для каждого условия, у него нет возможности иметь значение pvalue, потому что это вероятность того, что разница между выборками, взятыми для одной совокупности, статистически различна. Но, если у вас нет реплик, нет никакого значения, нет дисперсии для каждого гена, как я понял, мы не можем оценить ошибку выборки, и поэтому нет способа отличить значение, которое вы видите от случайного значения, для обычного тест малых образцов, в качестве t-теста. Посмотрите на это, он может помочь:

http://en.wikipedia.org/wiki/P-value

http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/

Что вы можете сделать, это MA участок

http://en.wikipedia.org/wiki/MA_plot

и посмотреть на распределение ваших данных, которые являются большие различия, и выберите их. Но это не в статистической структуре анализа скорости ложных обнаружений, оно может помочь в качестве разведочного анализа, но в этом нет никакой реальной статистики. В литературе микрочип вы, вероятно, будете искать альтернативы, чтобы сделать ряд допущений и есть тест гипотезы, но я не знаю, один, чтобы указать, может быть, AFFY пакета есть один ...