Установка «ncdf» на R, когда у меня нет привилегий суперпользователя

Question

У меня есть доступ к суперкомпьютеру, для которого у меня нет привилегий суперпользователя. У машины есть версии 3 и 4 netcdf, но я не знаю, есть ли у него библиотеки разработчиков, необходимые для установки R ncdf. Обычно я использую его для запуска параллельного R-кода. Обычно я могу установить пакеты в личную библиотеку, которая отлично работает. Например .:

> install.packages('plm') 
Installing package(s) into '/home/diag/opt/R/local/lib' 
(as 'lib' is unspecified) 
Warning in install.packages("plm") : 
    'lib = "/home/diag/opt/R/local/lib"' is not writable 
Would you like to use a personal library instead? (y/n) 

мне нужно в ncdf пакете, но я не могу установить его, потому что машина не может найти некоторые из NetCDF библиотек, которые ncdf зависят от. У машины есть версии 3 и 4 netcdf, но я не знаю, есть ли у них библиотеки разработчиков, необходимые R для установки ncdf, и я не знаю, как проверить. Я работаю против чего-то определенного срока, и, к сожалению, администраторы не смогли помочь мне решить проблему.

Вот что происходит, когда я пытаюсь установить ncdf:

[andrewcd@computer-login2 ~]$ module load R 
[andrewcd@computer-login2 ~]$ module load netcdf/3.6.2 
[andrewcd@computer-login2 ~]$ R   

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat" 

... (вырезать)

Type 'q()' to quit R. 

[Previously saved workspace restored] 

> install.packages('ncdf') 
Installing package(s) into '/home/diag/opt/R/local/lib' 
(as 'lib' is unspecified) 
Warning in install.packages("ncdf") : 
    'lib = "/home/diag/opt/R/local/lib"' is not writable 
Would you like to use a personal library instead? (y/n) y 
--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
CRAN mirror 

1: 0-Cloud      2: Argentina (La Plata)  

... (вырезать)

91: Vietnam      

Selection: 75 
trying URL 'http://cran.stat.ucla.edu/src/contrib/ncdf_1.6.6.tar.gz' 
Content type 'application/x-tar' length 79403 bytes (77 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 77 Kb 

* installing *source* package 'ncdf' ... 
** package 'ncdf' successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for nc-config... no 
checking for gcc... gcc -std=gnu99 
checking whether the C compiler works... yes 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes 
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E 
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep 
checking for egrep... /bin/grep -E 
checking for ANSI C header files... yes 
checking for sys/types.h... yes 
checking for sys/stat.h... yes 
checking for stdlib.h... yes 
checking for string.h... yes 
checking for memory.h... yes 
checking for strings.h... yes 
checking for inttypes.h... yes 
checking for stdint.h... yes 
checking for unistd.h... yes 
checking netcdf.h usability... no 
checking netcdf.h presence... no 
checking for netcdf.h... no 
configure: error: netcdf header netcdf.h not found 
ERROR: configuration failed for package 'ncdf' 
* removing '/home/andrewcd/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/ncdf' 

The downloaded source packages are in 
    '/tmp/RtmpIDiTdL/downloaded_packages' 
Warning message: 
In install.packages("ncdf") : 
    installation of package 'ncdf' had non-zero exit status 

кого-ли знаете, что я могу сделать, чтобы R мог найти нужные библиотеки?

Также обратите внимание, что я предпочел бы использовать ncdf, а не ncdf4 (для совместимости с существующим кодом). Однако, когда я пытаюсь установить ncdf4, я получаю следующее сообщение об ошибке, которое может быть поучительным:

* installing *source* package 'ncdf4' ... 
** package 'ncdf4' successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for nc-config... no 
----------------------------------------------------------------------------------- 
Error, nc-config not found or not executable. This is a script that comes with the 
netcdf library, version 4.1-beta2 or later, and must be present for configuration 
to succeed. 

If you installed the netcdf library (and nc-config) in a standard location, nc-config 
should be found automatically. Otherwise, you can specify the full path and name of 
the nc-config script by passing the --with-nc-config=/full/path/nc-config argument 
flag to the configure script. For example: 

./configure --with-nc-config=/sw/dist/netcdf4/bin/nc-config 

Special note for R users: 
------------------------- 
To pass the configure flag to R, use something like this: 

R CMD INSTALL --configure-args="--with-nc-config=/home/joe/bin/nc-config" ncdf4 

where you should replace /home/joe/bin etc. with the location where you have 
installed the nc-config script that came with the netcdf 4 distribution. 
----------------------------------------------------------------------------------- 
ERROR: configuration failed for package 'ncdf4' 
* removing '/home/andrewcd/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/ncdf4' 

The downloaded source packages are in 
    '/tmp/RtmpIDiTdL/downloaded_packages' 
Warning message: 
In install.packages("ncdf4") : 
    installation of package 'ncdf4' had non-zero exit status 

Очевидно, что система не может найти «NC-конфигурации». (Я не могу найти его сам).

Любой совет относительно того, что я мог бы сделать, или того, что я мог бы попросить суперпользователя сделать для меня, был бы очень признателен.

Answer 1

Привет Я думаю, что ошибка, которую вы получаете при установке «ncdf» является:

configure: error: netcdf header netcdf.h not found 

Вы должны установить Линукс пакет, который Contine netcdf.h заголовок file.You может понадобиться суперпользователя-доступ, чтобы сделать то же самое. Если у вас есть суперпользователь, вы можете искать в репозитории своего linux destribtion, который предоставляет этот файл заголовка и устанавливает его.