2015-05-20 10 views
0

Когда я отправляю задание с qsub в SGE, оболочка задания не будет читать .bashrc. Есть ли файл, аналогичный .bashrc, который будет считаться оболочкой всех заданий, начинающихся с qsub?SGE аналог .bashrc?

Я знаю, что есть файл .sge_request, но он содержит только параметры по умолчанию для qsub, а не список команд, таких как .bashrc. Я хочу установить некоторые переменные среды для моей работы, например $PATH и $LD_LIBRARY_PATH. Я не думаю, что смогу сделать это с помощью .sge_request, но если смогу, это также решит мою проблему.

+0

Вы можете вызвать файл 'config', видимый из сетки внутри вашего сценария задания. В моей рабочей среде моя домашняя папка видна из сетки, поэтому я размещаю все файлы конфигурации для своих заданий в сетке. – dlavila

ответ

0

.bashrc можно прочитать, если вы отправляете интерактивную работу, просто измените заголовок вашего сценария задания на:

#!/bin/bash -i 
2

Это лучше сделать с помощью -V опцию qsub, которая импортирует все переменные окружения, установленные, в том числе в .bashrc.

+0

Проблема заключается в том, что он импортирует ВСЕ переменные среды. Из-за этого я получаю некоторые ошибки с помощью 'module'. – becko

+0

Почему бы просто не поместить их в скрипт задания до выполнения программы, которая выполняет анализ? Или, если вы хотите обобщить его по сценариям, вы можете «указать» отдельный сценарий, содержащий переменные в скрипте задания. – Vince

+0

Другая идея - использовать скрипт 'prolog', но для этого потребуется доступ администратора к конфигурации кластера (я думаю). – Vince

Смежные вопросы