9
Я пытаюсь найти корреляцию столбцов 1347 по 209974 матрицы в Р. Everytime я это сделать (с помощью простой команды cor(matrix), я получаю сообщение:поймал ошибку сегментации, память не отображается ошибка
*** caught segfault ***
address 0xffffffffd058abf8, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: cor(matrix)
является ли это просто потому, что матрица является слишком большой?
Если да, то есть ли какой-либо предложения о том, как найти корреляции, другую, чем при использовании два объединенных для петель, которые находят корреляции между каждой уникальной парой строк? (Я пробовал это, и требуется несколько часов.)
Я уже проверил, и стандартное отклонение всех строк отличное от нуля, поэтому я знаю, что это не причина того, что корреляция не вычисляется.
Я столкнулся с этой проблемой в R. Есть несколько способов обойти это, но поскольку никто из них действительно не работал для меня, я в конечном итоге отказался от R для этого проекта. Лучший ответ, который я натолкнулся, использовал пакет 'ff' и работал параллельно. Вот ссылка http://brainchronicle.blogspot.com/2013/02/large-correlation-in-parallel.html – nwknoblauch
(1) Даже если R исчерпывает память, он не должен segfault. Это ошибка, почти по определению. (2) Вы знаете, что 'cor (matrix)' будет вычислять корреляцию между столбцами 'matrix', правильно? Потому что существует большая разница между тем, что для 1347 столбцов и столбцов 209974. – joran
@nwknoblauch Спасибо, это полезно. Что программа вы в конечном итоге используете, чтобы найти корреляции, если не R? К сожалению, на компьютере, на котором этот код в конечном счете будет работать, есть только одно ядро, поэтому я не думаю, что пакет будет иметь большую помощь. joran, это ошибка в функции «cor»? Кроме того, извините - вы правы, я оговорился, мне нужны корреляции столбцов, а не строк. Я отредактировал соответственно. – user2588829