using python virtual env in R

Question

Я использую пакет «rPython» для вызова python внутри R, но я не могу заставить R ссылаться на виртуальную среду моего python.

В R, я попытался с помощью

system('. /home/username/Documents/myenv/env/bin/activate') 

, но после запуска выше моей библиотеки питона путь не меняется (который я проверяю через python.exec(print sys.path)). Когда я бег

python.exec('import nltk') 

Я бросил ошибку:

Error in python.exec("import nltk") : No module named nltk

хотя она есть в моем виртуальном окр.

Я использую R 3.0.2, Python 2.7.4 на Ubuntu 13.04.

Кроме того, я знаю, что могу изменить путь к библиотеке питон внутри R с помощью

python.exec("sys.path='\your\path'") 

, но я не хочу, чтобы это вводить вручную снова и снова каждый раз, когда устанавливается новый пакет питона.

Заранее благодарен!

Answer 1

Я имел счастье получать скрипты использовать мою установку peynv помощью:

#!/usr/bin/env python

Так может быть, попробуйте направить R на этот путь (SANS #!, конечно).

Answer 2

Перед запуском R используйте сценарий «активировать» bash , чтобы процесс R наследовал измененные переменные среды.

$ source myvirtualenv/bin/activate 

$ R 

Теперь rPython должен иметь возможность использовать пакеты в вашем virtualenv.

Работы для меня. Может показаться странным, если версия Python, с которой вы создали virtualenv, отличается от одной ссылки rPython в процессе R.