Установка kernlab пакета из источников на Mac

Question

Я на индивидуалистах 10.9.2 и работает R 3.0.2:

20:35:19/Spectral $R 

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing" 
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing 
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit) 

Давайте попробуем установить kernlab пакет из источника (не делать из источника был хуже ошибки)

install.packages("kernlab", type="source") 

Мы получаем довольно далеко в сборе, но в конце концов линкер не удается:

-Wl,CoreFoundation 
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3/x86_64' 
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/x86_64' 
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3' 
ld: library not found for -lgfortran 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make: *** [kernlab.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘kernlab’ 
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/kernlab’ 
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/kernlab’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/private/var/folders/k4/l5ww32y14svd5wmkgzzftl9m0000gn/T/RtmpyBfij3/downloaded_packages’ 
Warning message: 
In install.packages("kernlab", type = "source") : 
    installation of package ‘kernlab’ had non-zero exit status 

UPDATE Per Комментарии Я обновился до последней (3.12) Р. Я также сделал

brew install gfortran 

, который был успешным

Но компиляции R от источника до сих пор имеет проблемы с -lgfortran:

install.packages("kernlab", type="source") 
.. 
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2' 
ld: library not found for -lgfortran 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make: *** [kernlab.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘kernlab’ 
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/kernlab’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/private/var/folders/k4/l5ww32y14svd5wmkgzzftl9m0000gn/T/RtmpugQtXD/downloaded_packages’ 

XCode 5.1.1 (обновлено только сейчас - самое новое для 10.9.2)

Вот информация об инструментах командной строки:

pkgutil --pkg-info=com.apple.pkg.CLTools_Executables 
package-id: com.apple.pkg.CLTools_Executables 
version: 6.1.0.0.1.1413057044 
volume:/
location:/
install-time: 1415295324 
groups: com.apple.FindSystemFiles.pkg-group com.apple.DevToolsBoth.pkg-group com.apple.DevToolsNonRelocatableShared.pkg-group 

Вот gfortran информация:

09:54:46/spectral $gfortran -v 
Using built-in specs. 
COLLECT_GCC=gfortran 
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2/lto-wrapper 
Target: x86_64-apple-darwin13.0.0 
Configured with: ../configure --prefix=/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran --datarootdir=/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/share --bindir=/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/bin --enable-languages=fortran --with-system-zlib --with-gmp=/usr/local/opt/gmp --with-mpfr=/usr/local/opt/mpfr --with-mpc=/usr/local/opt/libmpc --with-cloog=/usr/local/opt/cloog --with-isl=/usr/local/opt/isl --disable-cloog-version-check --disable-isl-version-check --enable-checking=release --disable-stage1-checking --disable-libstdcxx --enable-lto --disable-nls --disable-multilib 
Thread model: posix 
gcc version 4.8.2 (GCC) 

Answer 1

установка работала, когда осуществляется непосредственно через RStudio. Непонятно, почему это изменило бы ситуацию, но проблема решена.