Как построить матрицы petsc?

Я использую petsc4py и теперь сталкиваюсь с некоторыми проблемами. У меня есть ряд небольших PETSc плотных матриц Mij, и я хочу, чтобы построить их большой матрицы М, как это:Как построить матрицы petsc?

 [ m11 m12 m13 ] 
M = | m21 m22 m23 | , 
    [ m31 m32 m33 ]

код mcve показывает ниже, и я использую питона обертывание PETSc , однако их грамматики похожи.

import numpy as np 
from petsc4py import PETSc 

mSizes = (5, 8, 6) 
mij = [] 

# create sub-matrices mij 
for i in range(len(mSizes)): 
    for j in range(len(mSizes)): 
     temp_m = PETSc.Mat().create(comm=PETSc.COMM_WORLD) 
     temp_m.setSizes(((None, mSizes[i]), (None, mSizes[j]))) 
     temp_m.setType('mpidense') 
     temp_m.setFromOptions() 
     temp_m.setUp() 
     temp_m[:, :] = np.random.random_sample((mSizes[i], mSizes[j])) 
     temp_m.assemble() 
     mij.append(temp_m) 

# Now we have four sub-matrices. 
# I would like to construct them into a big matrix M. 
M = PETSc.Mat().create(comm=PETSc.COMM_WORLD) 
M.setSizes(((None, np.sum(mSizes)), (None, np.sum(mSizes)))) 
M.setType('mpidense') 
M.setFromOptions() 
M.setUp() 
mLocations = np.insert(np.cumsum(mSizes), 0, 0) # mLocations = [0, mSizes] 
for i in range(len(mSizes)): 
    for j in range(len(mSizes)): 
     M[mLocations[i]:mLocations[i+1], mLocations[j]:mLocations[j+1]] = \ 
      mij[i*len(mSizes)+j][:, :] 
M.assemble()

, которые сообщают о таких сообщений об ошибках:

Traceback (most recent call last): 
    File "tryMatConstuct.py", line 29, in <module> 
    mij[i*len(mSizes)+j][:, :] 
    File "PETSc/Mat.pyx", line 227, in petsc4py.PETSc.Mat.__getitem__ (src/petsc4py.PETSc.c:110477) 
    File "PETSc/petscmat.pxi", line 997, in petsc4py.PETSc.mat_getitem (src/petsc4py.PETSc.c:30481) 
    File "PETSc/petscmat.pxi", line 917, in petsc4py.PETSc.matgetvalues (src/petsc4py.PETSc.c:29242) 
petsc4py.PETSc.Error: error code 56 
[1] MatGetValues() line 1818 in /home/zhangji/PycharmProjects/petsc-petsc-31a1859eaff6/src/mat/interface/matrix.c 
[1] MatGetValues_MPIDense() line 154 in /home/zhangji/PycharmProjects/petsc-petsc-31a1859eaff6/src/mat/impls/dense/mpi/mpidense.c 
[1] No support for this operation for this object type 
[1] Only local values currently supported

источник

2016-09-12 Ji Zhang

Формата MATMPIDENSE соответствует нарезанным матрицам:. Каждый процесс хранит заданный набор строк общей матрицы в качестве матрицы MATSEQDENSE , Функция MatGetValues () 'разрешает доступ только к локальным данным: это причина, по которой печатается сообщение об ошибке. Аналогично, 'MatDenseGetArray_MPIDense()' разрешает доступ к локальным данным. См. [Mpidense.c] (http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/mat/impls/dense/mpi/mpidense.c.html). Сообщение MPI, необходимое для отправки данных, остается вам! Нам понадобится [mcve] (http://stackoverflow.com/help/mcve), чтобы предоставить вам ответ! – francis

Я должен использовать 2D массив вместо матрицы PETSc на короткий суб-матрицы Mij.

В petsc4py функции является PETSc.Mat() getDenseArray(), т.е.

temp_m = mij[i*len(mSizes)+j].getDenseArray()

источник

2016-09-16 16:11:29

Как построить матрицы petsc?

ответ

Смежные вопросы