Hash Таблицы инициализация

Question

У меня есть .pl файл, который я отредактированный немного, но когда я пытаюсь запустить его я получаю эту ошибку

Use of uninitialized value within %dca in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 65. 
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 64. 
Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 64. 
Use of uninitialized value within %dca in concatenation (.) or string at ./createWindow.pl line 65. 

Кодекса для следующего

#!/usr/bin/perl -w 

use strict; 

my $window=$ARGV[0]; 
my $windowCentral=$ARGV[1]; 

my $sep=$ARGV[2]; 

my @pairs=`cat $ARGV[3]`; 
chomp @pairs; 

my @pssm=`cat $ARGV[4]`; 
chomp @pssm; 

my @predSS=`cat $ARGV[5] | cut -d, -f1`; 
chomp @predSS; 

my @predSA=`cat $ARGV[6]`; 
chomp @predSA; 

my @predRCH=`cat $ARGV[7]`; 
chomp @predRCH; 

my @predCN=`cat $ARGV[8]`; 
chomp @predCN; 

my @seq=`cat $ARGV[9]`; 
chomp @seq; 

my @prop=`cat ../propensity.txt | cut -d\\ -f1,3`; 
chomp @prop; 
my %prop; 
foreach(@prop) { 
     my @v=split(/ /); 
     $prop{$v[0]}=$v[1]; 
} 
my @dca=`cat $ARGV[10]`; 
chomp @dca; 
my %dca; 
foreach(@dca) { 
     my @v=split(/ /); 
     $dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 
} 

my $count=0; 
foreach my $pair (@pairs) { 
    my @values=split(/,/,$pair); 
    next if($values[2]<$sep); 
    $count++; 
    my $r1=$values[0]-1; 
    my $r2=$values[1]-1; 
    my $central=($r2-$r1)/2; 

    #separation between contactd 
     print "$values[2],"; 
    #propensity 
     my $AApair=$seq[$r1].$seq[$r2]; 
     print "$prop{$AApair},"; 
     #sequence length 
     my $num=@seq; 
     print "$num,"; 
    #dca 
     my $posPair="$values[0],$values[1]"; 
     print "$dca{$posPair},"; 


    #PredSS of windows around contact residues 
    &dumpWindow($r1,$window,@predSS); 
    &dumpWindow($r2,$window,@predSS); 

Остального кода работает отлично, но я не могу определить индексацию хэш-таблицы dca. Вам нужны все четыре столбца файла, а не только 1-й, 3-й и 4-й, поэтому не выполняют разрез.

my @dca=`cat $ARGV[10]`; 


> chomp @dca; 
> my %dca; 
> foreach(@dca) { 
>   my @v=split(/ /); 
>   $dca{$v[0]}=$v[1]; 
> } 

Ключ к хэш-таблицы должен быть конкатенация 2 остатков индексов, а значение конкатенация 3 и 4 столбцов:

$dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 
> 
>   my $AApair=$seq[$r1].$seq[$r2]; 
>   print "$dca{$AApair},"; 
> 

Для индекса хэш-таблицу, нужны r1 и r2, а не аминокислоты в этих положениях.

my $posPair="$values[0],$values[1]"; 
print "$dca{$posPair},"; 

индексирование хеш-таблицы dca неправильным способом. Посмотрите, как вы заполняете его из файла .contact несколькими строками кода выше. Застрял в этом для веков теперь .....

Answer 1

1) вы определяете мою @dca и мою% dca. Лучше избегать дублирования одного и того же имени ...

2) print "$ dca {$ posPair},"; изменить на печать "$ dca -> {$ posPair}";

Я бы определил вашу переменную хэша как ссылку на хеш вместо самого хэша. После этого вы можете попробовать указать на свои ключи. Я бы обновил несколько строк в вашем коде. Посмотрите, пожалуйста, на этом примере:

my $dca = {}; 
#then populating dca keys: 
$dca->{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; #please note , char which is missing in later usage. 

#and how to get your values: 
my $posPair=$values[$r1].','.$values[$r2]; #I added missing coma here. 
print "$dca ->{$posPair},"; 

Answer 2

Ваш будут заселять хэш с ключами, как: "$v[0],$v[1]" и вы читаете его с ключами, как $values[$r1].$values[$r2]

изменить строку

$dca{"$v[0],$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 

в

$dca{"$v[0]$v[1]"}="$v[2],$v[3]"; 

Answer 3

Сообщение об ошибке достаточно ясно: вы пытаетесь сотрудничать ncatenate значение для неопределенного значения ключа хэша, и вы пытаетесь его распечатать.

Прежде всего, я полагаю, что у вас есть use strict; и use warngings;?

Что вам нужно сделать, это проверить свой код, прежде чем выполнять конкатенацию и печать. Это может быть ошибка, и, возможно, вам захочется распечатать заявление об отладке, чтобы помочь вам найти проблему.

if (not defined $value[$r1] or not defined $values[$r2]) { 
    print "DEBUG: Whoops! I have a problem...\n"; 
    no warnings qw(uninitialized); #DEBUG: 
    say qq(DEBUG: \$posPair = \$value[$r1] . \$values[$r2]); 
    say qq(DEBUG: \$posPair = $value[$r1] . $values[$r2]); 
    use warnings qw(uninitialized); 
else { 
    my $posPair = $values[$r1] . $values[$r2]; 
    print "$dca{$posPair},"; 
} 

no warnings qw(uninitialized) отключит предупреждение, которое вы получаете. Это временно сделано, поэтому я могу видеть свои отладочные заявления. use warnings qw(initialized) снова включает эти предупреждения (это то, что вы хотите).

Это даст вам ключ к тому, что происходит.Каково значение $r1 и $r2 на данный момент? Оба являются неопределенными, или это только один, а не другой?

В коде есть логический недостаток, а распечатка отладочных заявлений - хороший способ быстро найти проблему. У Perl есть отладчик, но я нахожу здесь несколько инструкций, и там можно более быстро определить проблему, чем использовать отладчик.

Если принять этот подход, вам нужно добавить строку с другими use заявления:

use feature qw(say); 

Это даст вам использовать команду say. Это похоже на инструкцию печати, но автоматически создает новую строку в конце. Это упрощает добавление отладочной инструкции. Вы просто дублируете нужную строку и добавляете say qq(DEBUG: ...); по всей строке. Затем вы можете поставить обратную косую черту перед именами переменных, которые вы, возможно, не захотите интерполировать.

Последним шагом является использование Data::Dumper. Вы можете распечатать всю свою структуру данных таким образом, что также может показать вам логические недостатки.