Я пытаюсь установить пакет R atSNP от https://github.com/chandlerzuo/atSNP. Согласно документации, это то, как он установлен:Ошибка установки пакета R atSNP
> library(devtools)
> install_github("chandlerzuo/atSNP")
Но я получаю следующее сообщение об ошибке:
Downloading github repo chandlerzuo/[email protected]
Installing atSNP
Skipping 2 packages not available: GenomicRanges, motifStack
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD INSTALL \
'/private/var/folders/vt/nnrr0hts2h1bk6stsg4mt2xw0000gn/T/Rtmpzjo43z/devtoolsd9a33b03bdb4/chandlerzuo-atSNP-8cbe50e' \
--library='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library' --install-tests
* installing *source* package ‘atSNP’ ...
** libs
make: Nothing to be done for `all'.
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs
** R
** data
** tests
** preparing package for lazy loading
No methods found in "IRanges" for requests: sapply
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
No methods found in "IRanges" for requests: sapply
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so, 6): no suitable image found. Did find:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so: unknown file type, first eight bytes: 0x7F 0x45 0x4C 0x46 0x02 0x01 0x01 0x00
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP’
Error: Command failed (1)
Это информация сессии:
> sessionInfo()
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.10 (Yosemite)
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] grid stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] motifStack_1.12.0 Biostrings_2.36.1 XVector_0.8.0 ade4_1.7-2 MotIV_1.24.0 grImport_0.9-0
[7] XML_3.98-1.2 GenomicRanges_1.20.4 GenomeInfoDb_1.4.0 IRanges_2.2.2 S4Vectors_0.6.0 BiocGenerics_0.14.0
[13] devtools_1.8.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5 GenomicAlignments_1.4.1 zlibbioc_1.14.0 BiocParallel_1.2.2 BSgenome_1.36.0
[6] lattice_0.20-31 stringr_1.0.0 httr_0.6.1 tools_3.2.0 seqLogo_1.34.0
[11] lambda.r_1.1.7 futile.logger_1.4.1 git2r_0.10.1 rversions_1.0.0 digest_0.6.8
[16] rtracklayer_1.28.4 futile.options_1.0.0 bitops_1.0-6 RCurl_1.95-4.6 memoise_0.2.1
[21] rGADEM_2.16.0 stringi_0.4-1 Rsamtools_1.20.4
Как вы можете видеть , Я установил & прилагается оба пакета GenomicRanges & motifStack и все еще сообщение об установке говорит, что они недоступны. Я попытался удалить &, переустановив оба пакета, но я все равно получаю ту же ошибку. Любые предложения будут оценены.
UPDATE: Я последовал предложение ниже, и по-прежнему получать следующие ошибки:
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library’
* installing *source* package ‘atSNP’ ...
** libs
make: Nothing to be done for `all'.
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs
** R
** data
** preparing package for lazy loading
No methods found in "IRanges" for requests: sapply
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
No methods found in "IRanges" for requests: sapply
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so, 6): no suitable image found. Did find:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP/libs/atSNP.so: unknown file type, first eight bytes: 0x7F 0x45 0x4C 0x46 0x02 0x01 0x01 0x00
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/atSNP’
Благодарности
Я последовал за ваше предложение, но она по-прежнему дает мне ту же ошибку (см обновление выше в моем вопросе). Я использую OS X Yosemite 10.10. –
Вы можете видеть, что теперь нет ошибки относительно проблемы загрузки motifStack и GenomicRanges, что хорошо. Оставшаяся проблема может относиться к конфигурации R в MAC-адресах (см. [1] (https://github.com/hadley/devtools/issues/373)). Я также столкнулся с этой проблемой некоторое время, но затем я столкнулся с [2] (http://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html#Tcl_002fTk-issues) и [3] (http : //socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/installation-notes.html) и следуют их инструкциям, и проблема решена. Не специалист по операционной системе, но я надеюсь, что эти ссылки могут помочь. – Chandler
Я действительно не уверен, в чем проблема. Я следую ссылкам 1 и 3 (установлен Rcpp & Rcmdr), но ничего не меняется. Я, честно говоря, не уверен, что конкретно делать со ссылкой 2. –