Хотя я не собираюсь это проверять, но я убежден, что вы не можете изменить, как iOS помещает панель навигации в поле, когда клавиатура отображается в Safari. Я тестировал в нескольких веб-приложениях там (особенно gmail), и он есть там.
В разработке приложений iOS эта панель, которую Safari ставит над клавиатурой, представляет собой представление, которое приложение не создает там, где создается или имеет доступ контент (ваше веб-приложение).
К сожалению, единственный способ, которым я знаю, - создать собственное собственное приложение iOS и загрузить его в веб-приложение. (См. Пример приложения для почты).