Окраска филогенетических деревьев

Question

Я создал филогенетическое дерево связки на ферментных последовательностях, которые у меня есть. У меня это в простом формате, с отображением только результатов и без раскраски. Теперь у меня есть последовательности, ограничивающие ферменты, и каждый из них имеет motif. Я хочу окрасить ветви фермента, имеющие похожие motifs. Я потратил большую часть вчерашнего взгляда на различные программные средства, которые могли бы помочь мне сделать это, но в итоге запутались. Я хотел знать хороший инструмент, который берет деревья либо в формате newick, либо принимает информацию alignment. и позволит мне передать цвет, основанный на сходных мотивах.

Я наткнулся на этот инструмент: http://etetoolkit.org/, но для этого требуется большое количество зависимых библиотек, которые, в свою очередь, имеют зависимости с небольшой или отсутствующей документацией об ошибках установки.

Я использовал класс Phylo из библиотеки BioPython, чтобы развить деревья. Я использовал следующую команду, чтобы создать свое дерево с баллами:

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)

Answer 1

Figtree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/) является филогенетическое дерево, которое зритель позволяет настраиваемый расцветку.

Мне непонятно, как вы знаете, какой из ферментов имеет какой-то мотив. Если эта информация не встроена, вам может потребоваться аннотировать каждую последовательность перед созданием дерева, чтобы вы могли искать в FigTree и цвет по метке.

(Обратите внимание, что если вы хотите показывать только имя фермента без мотива, вы можете использовать этот подход, а затем вручную отредактировать файл .nwk после этого, оставив в цветовой информации, но удалив аннотации.)