На стороне заметьте, помните, что когда вы вытаскиваете файл из своих ресурсов на диск и затем выполняете код на нем, вы можете инициировать Windows Data Execution Prevention - в основном, Windows пытается автоматически определить, должно ли что-то быть кодом или данными , и если это похоже на данные (которые будут иметь ресурсы), то это предотвратит выполнение этих данных как код.
Это становится особенно липкой проблемой, если ваша сборка .NET будет использоваться по сети вместо локального диска - есть всевозможные конфигурации безопасности .NET, которые могут помешать этому работать правильно.
Еще один вариант, не зная деталей вашего проекта, возьмите это с солью: добавьте файл .exe.readme к вашей установке, который описывает любые любопытные пользователи или ИТ-специалисты, почему существует исполняемый файл, который они использовали Ожидание в каталоге установки:
Я удалил тег «встроенный», так как этот вопрос не имеет отношения к встроенным системам. –