Я запускаю RStudio на MacOS и должен использовать некоторые пользовательские инструменты командной строки, такие как csvcut (часть csvkit) для функции, которую несколько человек в нашей команде будут использовать на своих машинах.Добавление пути PATH к RStudio
Если я запускаю system('pip install csvcut) (я использую эту команду в качестве примера, обычно я запускаю csvcut) из R в терминале, он работает (проверяет, установлена ли последняя версия и т. Д.), Просто например, если я делаю это из терминала командной строки.
Если бы я сделать то же самое изнутри RStudio:
> system('pip install csvkit')
sh: pip: command not found
Если я which pip в терминале и скопировать и вставить адрес в RStudio, он работает:
system('/anaconda3/anaconda/bin/pip install csvkit')
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): csvkit in /anaconda3/anaconda/lib/python3.4/site-packages
# etc.
^это вывод, если я просто делаю system('pipinstall csvkit') от R в терминале.
К сожалению, я не могу даже запустить which pip из RStudio. (Кроме того, я не мог автоматически pip install csvkit для других компьютеров, так как для этого требуется доступ к sudo.) Если бы был способ указать RStudio на путь R, это было бы проще.
Я нашел инструкции на каком-то веб-сайте, который сказал, что создал файл .Renviron и в нем есть строка R_LIBS_USER=~/R/library, но это не помогло.
, что не работает. хотя, когда я набираю 'system ('env')' в моей консоли RStudio, я получаю вывод с этой строкой: 'PATH =/anaconda3/anaconda/bin; $ PATH:/usr/local/bin:/usr/bin :/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/git/bin' –
попробуйте заменить ';' на ':' – pcantalupo
Спасибо! Теперь это работает. –