Как запустить диагностические графики для lmer в R?

Я пытаюсь запустить диагностические графики на модели lmer, но продолжаю бить стену. Я не уверен, сколько информации необходимо предоставить здесь, но здесь идет:Как запустить диагностические графики для lmer в R?

Модель проста:

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine).

MSV_mm числовой (длина рыла-вентиляционный) и Size_treat является фактором 4 Уровни: Непрерывный, Большой, Средний и Малый. Rep, Patch и Trap - случайные эффекты.

Когда я бегу plot(best), я получаю следующее сообщение об ошибке:

"Error in as.double(y) : 
    cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

я предполагаю, что это связано с функцией lmer. Я троллировал сеть и еще не нашел ответа на эту проблему. Это lmer вещь?

источник

2013-10-08 Kika Tarsi

Я думаю, что вы предполагаете, что вы можете запустить 'plot' на объекте' lm', вы можете сделать это и для объекта 'lmer'. Обратите внимание, что существует функция 'plot.lm', но не' plot.lmer'. –

@ SeñorO Они принимают правильно: '? Plot.merMod'. – joran

@joran У меня нет 'plot.merMod', когда я загружаю' lme4'. Кроме того, модель 'lmer' переходит на' plot.default' на моей машине. –

Я могу воспроизвести эту ошибку с lme4.0, что эквивалентно предыдущим версиям (pre-1.0.0) lme4 от CRAN. Если вы используете последнюю дату lme4 от CRAN (версия 1.0-4 по состоянию на октябрь 2013 года), это то, что должно произойти:

library(lme4) 
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy) 
plot(fm1)

enter image description here

Хотя plot.merMod не экспортируется, документировано (?plot.merMod), и вы можете увидеть его через lme4:::plot.merMod (или getAnywhere("plot.merMod")).

Если вы хотите воспроизвести этот участок с более ранней версией lme4, вы можете сделать:

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1)) 
library(lattice) 
xyplot(fitted~resid,data=augData)

Вы должны думать о том, хотите ли вы девиантности остатки (по умолчанию от residuals()) или Пирсона остатков (по умолчанию для plot.merMod).

источник

2013-10-09 00:54:14

Как запустить диагностические графики для lmer в R?

ответ

Смежные вопросы