Я не эксперт по этому вопросу самого, но я был, где вы находитесь на год назад. Было очень сложно справляться со всем. Комбинация Javascript/HTML/CSS быстро стала подавляющей. Мой лучший совет: не используйте идентификаторы элементов. Попробуйте обобщить все на классы. (Работа с Bootstrap научила меня многому о том, как это можно было бы сделать эффективно.)
И если этого недостаточно, разбейте свои шаблоны на более мелкие шаблоны. У вас нет одного большого шаблона Handlebars, у вас 15 маленьких. Затем используйте помощник, чтобы отображать их друг в друге. Разрушение ваших шаблонов на более мелкие куски будет содержать ваши CSS и JS-коды в небольших, сплоченных кусках. У вас скоро будет файл CSS, который не является файлом CSS для вашей страницы, а файл CSS, содержащий другой раздел для каждого из ваших шаблонов.
Как я уже сказал, я не эксперт, но это помогло мне. Я пришел в веб-разработке в августе прошлого года с сильным фоном C++, и это то, что, наконец, щелкнуло со мной. В принципе, это один из золотых правил программирования: меньшие, более модульные куски кода всегда легче справляются. :)