Звеноцензурные события в версии R 3.3.2

Question

Я пытаюсь создать кривую KM и хотел бы, чтобы как обычно, на графике отображались цензурные события (например, крест или эквивалент).

Я использую версию R выше и обновил пакеты «выживание», «KMsurv» и «rms».

Я попытался использовать код, показанный на некоторых сайтах без успеха.

Пример из http://www.visualcinnamon.com/2013/07/plotting-survival-analysis-results-in-r.html

library(survival) 
data(colon) 
fit = survfit(Surv(time,status)~rx, data=colon) 
plot(fit, xlab="Time", ylab="Survival Probability", main="Kaplan-Meier plot") 

Я генерировать кривую КМ, но цензурированное событие не представлены в графическом виде.

Я также попытался (с помощью пакета среднеквадратичного):

fit <- npsurv(Surv(time,status)~rx, data=colon) 
survplot(fit) 

Ничего не работало. Что мне не хватает?

PS: mark.time в базе R работал, но меня интересует кумулятивный график вероятности (AKA «перевернутый KM»), и я не думаю, что это можно сделать легко в базе R. Это очень просто с rms с использованием аргумента: 'fun = function (x) {1 - x}'

Answer 1

Я предполагаю, что вы один (или более) из этих трех вызовов (задокументированный на странице ?points.survfit, который, в свою очередь, был связан с страницей ?plot.survfit):

plot(fit, xlab="Time", ylab="Haz Probability", main="Kaplan-Meier plot", 
      fun="cumhaz") # the cumulative Hazard is 1-Survival 
plot(fit, xlab="Time", ylab="Haz Probability", main="Kaplan-Meier plot", 
      fun="cumhaz", conf.int=TRUE) 
plot(fit, xlab="Time", ylab="Haz Probability", main="Kaplan-Meier plot", 
      fun="cumhaz", conf.int=TRUE, mark.time=TRUE) # censoring markers 

последняя производит: