Чтобы выполнить любую последующую обработку, используйте фазу сборки сценария запуска (добавьте такую фазу в свою цель). Используйте список переменных окружения, предоставляемых Xcode (вы можете видеть их, когда фаза запускается, расширяя результаты скрипта в окне результатов сборки), чтобы найти двоичный файл. Оттуда вы знаете, где находится его файл ресурсов. Остальное - это стандартная команда командной строки Unix (запустите командную строку и поместите файл в целевую папку).
Теперь для получения справки вы не запрашивали: тривиально повторять хэширование измененного двоичного кода и заменять ваш новый в папке ресурсов. Любой, кто достаточно разбирается, чтобы взломать двоичные файлы, скорее всего, просто отключит вызов вашего кода «проверить MD5 против файла» в любом случае, исключая необходимость замены сохраненного хэша в целом. Короче говоря: вы тратите свое время на этот подход. :-)