2
Я пытаюсь дублировать некоторый код, и я сталкиваюсь с проблемами с WinBUGS. Код был написан в 2010 году, и я думаю, что тогда пакет был установлен с дополнительными файлами, которые R теперь ищет и не может найти (отсюда ошибка), но я не уверен.Ошибка R2WinBUGS в R
R прекращает попытку запустить # bugs.directory (см код) и ошибка:
Error in file(con, "rb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "rb") :
cannot open file 'C:/Users/Hiwi/Documents/R/Win-library/3.0/R2winBUGS/System/Rsrc/Registry.odc': No such file or directory
Error in bugs.run(n.burnin, bugs.directory, WINE = WINE, useWINE = useWINE, :
WinBUGS executable does not exist in C:/Users/Hiwi/Documents/R/Win-library/3.0/R2winBUGS
У меня есть результаты анализа, так что если есть другой способ ведения байесовского анализа для " rawdata "(в 14-дневной модели с окном события [-3,0]), или если кто-то ПОЖАЛУЙСТА прольет некоторый свет на то, что не так с кодом, я был бы навсегда благодарен.
Код:
rm(list=ls(all=TRUE))
setwd("C:/Users/Hiwi/Dropbox/Oracle/Oracle CD files/analysis/chapter6_a")
library(foreign)
rawdata <- read.dta("nyt.dta",convert.factors = F)
library(MASS)
summary(glm.nb(rawdata$num_events_14 ~ rawdata$nyt_num))
# WinBUGS code
library("R2WinBUGS")
nb.model <- function(){
for (i in 1:n){ # loop for all observations
# stochastic component
dv[i]~dnegbin(p[i], r)
# link and linear predictor
p[i] <- r/(r+lambda[i])
log(lambda[i]) <- b[1] + b[2] * iv[i]
}
#
# prior distributions
r <- exp(logr)
logr ~ dnorm(0.0, 0.01)
b[1]~dnorm(0,0.001) # prior (please note: second element is 1/variance)
b[2]~dnorm(0,0.001) # prior
}
write.model(nb.model, "negativebinomial.bug")
n <- dim(rawdata)[1] # number of observations
winbug.data <- list(dv = rawdata$num_events_14,
iv = rawdata$nyt_num,
n=n)
winbug.inits <- function(){list(logr = 0 ,b=c(2.46,-.37)
)} # Ausgangswerte aus der Uniformverteilung zwischen -1 und 1
bug.erg <- bugs(data=winbug.data,
inits=winbug.inits,
#inits=NULL,
parameters.to.save = c("b","r"),
model.file="negativebinomial.bug",
n.chains=3, n.iter=10000, n.burnin=5000,
n.thin=1,
codaPkg=T,
debug=F,
#bugs.directory="C:/Users/Hiwi/Documents/R/Win-library/3.0/R2winBUGS/"
bugs.directory="C:/Users/Hiwi/Documents/R/Win-library/3.0/R2winBUGS"
)
tempdir()
setwd(tempdir())
file.rename("codaIndex.txt","simIndex.txt")
file.rename("coda1.txt","sim1.txt")
file.rename("coda2.txt","sim2.txt")
file.rename("coda3.txt","sim3.txt")
posterior <- rbind(read.coda("sim1.txt","simIndex.txt"),read.coda("sim2.txt","simIndex.txt"),read.coda("sim3.txt","simIndex.txt"))
post.df <- as.data.frame(posterior)
summary(post.df)
quantile(post.df[,2],probs=c(.025,.975))
quantile(post.df[,2],probs=c(.05,.95))
quantile(post.df[,2],probs=c(.10,.90))
tempdir()