Мне нужно преобразовать очень большой файл .bam в .bed-файл, хотя я нашел решение, используя параллельные параллельные параллельные параллельные параллельные SEG и gnuParallel, для двух кластеров я могу получить доступ только к поддержке slurm и планировщики крутящего момента, и я мало знаю о tcsh, я даже не могу модифицировать сценарий для удовлетворения требований slurm и крутящего момента.Сообщение об ошибке при использовании многопроцессорной обработки Python
Благодаря я знаю немного о Python, я планирую использовать модуль многопроцессорной Python, чтобы сделать это, однако, следующий код поднять странное сообщение:
«Python неожиданно завершает работу при использовании calignmentfile.so плагин»
# The code here is just a test code, ignore its real meaning.
import multiprocessing as mp
import pysam
def work(read):
return read.query
# return read.split()[0]
if __name__ == '__main__':
cpu = mp.cpu_count()
pool = mp.Pool(cpu)
sam = pysam.AlignmentFile('foo.bam', 'rb')
read = sam.fetch(until_eof=True)
# f = open('foo.text', 'rb')
# results = pool.map(work, f, cpu)
results = pool.map(work, read, cpu)
print(results)
Означает ли это сообщение, которое считывает из pysam.AlignmentFile() не поддерживает параллелизм, или Python не поддерживает такого рода параллельно? Я использую обычный текстовый файл для проверки этого фрагмента кода, он работает хорошо (например, код был прокомментирован).