readline() на закрытой дескрипторе файла

Question

Запуск этого кода приводит к ошибке «readline() на закрытой дескрипторе файла SEQFILE в строке 14.» В предыдущих поисковых запросах все прокомментировали, как следует положить некоторый тип условных после открытия. Это просто убивает программу (я оставил ее, чтобы я мог понять, почему она не открылась). Я бы предположил, что более глубокая проблема заключается в том, почему он не открывает мой файл?

#!/usr/bin/perl -w 

#Ask user to point to file location and collect from the keyboard 
print "Please specify the file location: \n"; 
$seq = <STDIN>; 

#Remove the newline from the filename 
chomp $seq; 

#open the file or exit 
open (SEQFILE, $seq); 

#read the dna sequence from the file and store it into the array variable @seq1 
@seq1 = <SEQFILE>; 

#Close the file 
close SEQFILE; 

#Put the sequence into a single string as it is easier to search for the motif 
$seq1 = join('', @seq1); 

#Remove whitespace 
$seq1 =~s/\s//g; 

#Use regex to say "Find 3 nucelotides and match at least 6 times 
my $regex = qr/(([ACGT]{3}) \2{6,})/x; 
$seq1 =~ $regex; 
printf "MATCHED %s exactly %d times\n", $2, length($1)/3; 
exit; 

Answer 1

Чтобы понять, почему open не удается, это изменить:

open (SEQFILE, $seq); 

к этому:

open (SEQFILE, $seq) or die "Can't open '$seq': $!"; 

(см. the perlopentut manpage)

Answer 2

Рассогласование между тем, где вы работаете ваш программа из и где хранится файл для открытия.

это где я нашел его, Perl Readline on closed filehandle - file does not exist error

Answer 3

Также обратите внимание, что если вы используете || вместо «или» в строке следующим образом:

open SEQFILE, $ seq || die «Не могу открыть» $ seq ': $! ";

Это будет работать неправильно. Смотрите ссылку:

https://vinaychilakamarri.wordpress.com/2008/07/27/subtle-things-in-perl-part-2-the-difference-between-or-and/