Постарайтесь, чтобы эти два XML были похожи (хотите проигнорировать xmlns) и секцию differer element, но не работали правильно для меня. Если удалить xmlns, doc - simmilr. Я использую XMLUnit 1,5XMLUNIT игнорировать xmlns?
String s1 = "<root xmlns=\"http:example.com\">"
+"<Date/>"
+"<Time/>"
+"</root>";
String s2 = "<root>"
+"<Time/>"
+"<Date/>"
+"</root>";
myDiff = XMLUnit.compareXML(s1,s2);