Объединить несколько файлов, перечисленных в текстовом файле, используя perl Script

Question

Я новичок в создании сценариев, и я пытаюсь объединить несколько файлов, пути которых перечислены в текстовом файле и выводятся комбинированный файл gzip. , например, файл списка - File_list.txt содержит эти файловые пути

/data/path/file1.txt 
data2/path2/file2.txt 
....file3.txt 
....file4.txt 

Пока мой код для всех файлов, перечисленных в локальном каталоге (выводит только объединенный файл не архивированная):

#!/usr/bin/perl 

use strict; 
use File::Slurp; 

my $directory = 'Users/xyz/Documents/'; 

opendir(dir, $directory) or die $!; 
my @files = readdir(dir); 
closedir dir; 

my $outfilename = 'Combined.fastq' 

my $outfilesrc = undef; 

foreach (sort @files){ 
    $outfilesrc.= File::Slurp::slurp("$basedir/$_"); 
} 

open(OUT, "> $basedir/$outfilename") or die ("Can't open for writing: 
    $basedir/$outfilename : $!"); 
print OUT $outfilesrc; 
close OUT; 

exit; 

Может кто-нибудь, пожалуйста, поделитесь, как читать файлы, используя этот список, а не одну директорию? Я знаю, что это намного проще в простой bash, но я пытаюсь создать модуль для конвейера, так что это нужно в Perl. Спасибо!

Answer 1

Вы ничего не делаете с zip-файлом. Я даже не могу угадать (Archive::Zip довольно неплохо).

Для конкатенации нескольких файлов вы можете использовать дескриптор файла ARGV или <>.

#!/usr/bin/env perl 
use strict; 
use warnings; 

open (my $combined, '>', 'combined.fastq') or die $!; 

select $combined; 
print while <>; 

close $combined; 

Если сделать трюк - вы открываете выходной файл, выберите его в качестве места по умолчанию для печати, а затем распечатать каждую строку захваченной в <> - который все данные в любых файлах, указанные в командной строке, или данные по каналам.

Таким образом, вызывая этот скрипт как merge.pl *.txt, он принимает все текстовые файлы (в текущем каталоге) и объединяет их в объединенный файл.

Как вы получили список ввода - это так просто, как:

open (my $list_of_files, '<', 'file_list.txt') or die; 
chomp (@ARGV = <$list_of_files>); 
close ($list_of_files); 

Это будет достичь того же результата в целом.

Answer 2

Большое спасибо за ваши ответы. Скрипт работает хорошо сейчас, будучи новым в perl, он казался мне трудным. Просто отправьте мой код ниже -

#!/usr/bin/perl 
use strict; 
use warnings; 
use File::Slurp; 
use IO::Compress::Gzip qw(gzip $GzipError); 


my @data = read_file('./File_list.txt'); 
my $out = "./test.txt"; 


foreach my $data_file (@data) 

{ 
    chomp($data_file); 
    system("cat $data_file >> $out"); 
} 
my $outzip = "./test.gz"; 
gzip $out => $outzip;