Функция R только терпит неудачу при вызове через мой пакет

Question

Я создаю пакет для работы (называемый mypackage) и имею функцию, которую я хотел бы включить в нее. Эта функция, кажется, работает прекрасно, когда я называю это так:

myFunction() 

Но это терпит неудачу, когда я называю это так:

mypackage::functionName() 

Я использую roxygen2 построить свой пакет. Функция выглядит следующим образом:

volumeDiffBoot.test <- function(screenedData, B=100, recSetting=c(80, 6), 
           curSetting=c(80, 6), numCore=3){ 
    inputStrings <- unique(screenedData$ID) 
    cl <- makeCluster(numCore) 
    # must pass all relevant variables to the worker nodes: 
    clusterExport(cl, list=c("inputStrings", "B", "screenedData", "curSetting", "recSetting"), 
       envir=environment()) 
    clusterEvalQ(cl, library(data.table)) 
    # change the data.frame to a data.table (MUCH faster this way) 
    b <- as.data.table(screenedData) 
    setkey(b, ID) # set the key for faster subsetting 
    # bootstrap sampling of volume differences: 
    bootSamples <- parLapply(cl, as.matrix(1:B), function(i){ 
    bootSample1 <- sample(inputStrings, replace=TRUE) 
    bootSample2 <- sample(inputStrings, replace=TRUE) 
    numHits <- lapply(1:length(bootSample1), function(j){ 
     # subsets the data by ID first using data.table key (much faster this way): 
     d1 <- b[list(bootSample1[j])] 
     # return the number of rows meeting the accuracy and variation conditions: 
     curHits <- d1[accuracy >= curSetting[1] & numVariation <= curSetting[2], .N] 

     d2 <- b[list(bootSample2[j])] 
     recHits <- d2[accuracy >= recSetting[1] & numVariation <= recSetting[2], .N] 
     return(c(curHits, recHits)) 
    }) 
    q <- do.call(rbind, numHits) 
    return(sum(q[,1]) - sum(q[,2])) 
    }) 
    stopCluster(cl) # close the cluster 
    bootSamples <- unlist(bootSamples) 
    cat("If the following confidence interval contains zero, the difference in volume is not significant.\n") 
    print(quantile(bootSamples, c(0.025, 0.975))) 
    return(bootSamples) 
} 

Вот некоторые данные для использования:

myDat <- structure(list(accuracy = c(0L, 0L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 
100L, 85L, 73L, 0L, 0L, 90L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 100L, 
100L, 100L, 94L, 100L), ID = c(1016L, 1017L, 1019L, 1014L, 1016L, 
1010L, 1003L, 1005L, 1008L, 1015L, 1016L, 1008L, 1006L, 1012L, 
1001L, 1004L, 1011L, 1009L, 1010L, 1007L, 1008L, 1006L, 1002L, 
1014L, 1019L), numVariation = c(15, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 
4, 14, 10, 1, 8, 9, 9, 15, 15, 14, 11, 0, 0, 0, 1, 0)), .Names = c("accuracy", 
"ID", "numVariation"), row.names = c(NA, 25L), class = "data.frame") 

Вот мой sessionInfo():

> sessionInfo() 
R version 3.2.1 (2015-06-18) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252 
[4] LC_NUMERIC=C       LC_TIME=English_United States.1252  

attached base packages: 
[1] parallel stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] myPackage_0.1 ggplot2_1.0.1  data.table_1.9.4 dplyr_0.4.2  stringr_1.0.0  doSNOW_1.0.12  
[7] snow_0.3-13  iterators_1.0.7 foreach_1.4.2  digest_0.6.8  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Rcpp_0.12.0  magrittr_1.5  MASS_7.3-43  munsell_0.4.2 colorspace_1.2-6 R6_2.1.1   plyr_1.8.3  
[8] tools_3.2.1  grid_3.2.1  gtable_0.1.2  DBI_0.3.1  assertthat_0.1 reshape2_1.4.1 codetools_0.2-11 
[15] stringi_0.5-5 scales_0.3.0  chron_2.3-47  proto_0.3-10  

Ошибка броска при вызове с помощью пакета это:

> d <- mypackage::volumeDiffBoot.test(myDat, B=3, recSetting = c(88, 2), curSetting = c(80, 6)) 
Error in checkForRemoteErrors(val) : 
    3 nodes produced errors; first error: invalid subscript type 'list' 

Answer 1

Contin uing дальше от моего комментария теперь, когда вы добавили сообщение об ошибке:

Включать import(data.table) в NAMESPACE файл для пакета, под <exportPattern("^[^\\.]")> линии и восстановить пакет и т.д. и т.п.

У меня была аналогичная проблема. Вы заметите, что ошибка говорит о list, что видно при использовании синтаксиса data.tableb[list(bootSample1[j])] - т. Е. Неправильный синтаксис при вызове функции из вашего пакета (я уверен, что здесь терминология неверна, но это просто что я не очень понимаю этот вопрос).

Импорт data.table через пространство имен разрешил это для меня.

В частности, я получил этот ответ через data.tableFAQ.

6,9 Я создал пакет, который зависит от data.table. Как сделать гарантировать, что мой пакет является data.table-aware, так что наследование от data.frame работает?

Либо я) включают data.table в Depends: поле вашего файла описания, или II) включают data.table в импорте: поле файл и импорта (data.table) ОПИСАНИЕ в вашем NAMESPACE файл.