R - странный порядок геометрий в ggplot2

Я написал небольшую функцию, которая отображает несколько glm как лесные участки с ggplot. Каждая модель имеет одни и те же предсказатели, но имеет разные зависимые переменные.R - странный порядок геометрий в ggplot2

Функция требует как минимум всех объектов glm в качестве параметра. Затем создается кадр данных, который используется для процедуры ggplot.

В моем примере у меня есть следующий кадр данных с предикторами «секс», «возраст» (alter3gr), социально-экономический статус («ses») и опыт («f0103»). После того, как «трансформирующихся» в GLM-х годов в кадр данных, результаты выглядят как в этом примере:

    OR  lower  upper  p pa shape grp xpos 
sex1  1.3253832 1.0735041 1.6372096 "1.33 **" s  3 1 7 
alter3gr1 1.0544569 0.8078543 1.3747014  "1.05" ns  1 1 6 
alter3gr2 0.7042160 0.5372706 0.9212466 "0.7 *" s  2 1 5 
ses3_neu21 1.3270242 1.0274121 1.7129088 "1.33 *" s  2 1 4 
ses3_neu22 2.0043975 1.4394807 2.8009534 "2 ***" s  4 1 3 
f01031  1.5953467 1.2783964 1.9944690 "1.6 ***" s  4 1 2 
f01032  2.3780514 1.7175161 3.3307287 "2.38 ***" s  4 1 1 
sex11  0.9841822 0.7684196 1.2605188  "0.98" ns  1 2 7 
alter3gr11 1.1778530 0.8731799 1.5964175  "1.18" ns  1 2 6 
alter3gr21 0.7633293 0.5513314 1.0588159  "0.76" ns  1 2 5 
ses3_neu211 0.9536030 0.7048865 1.3010905  "0.95" ns  1 2 4 
ses3_neu221 1.1891460 0.8171171 1.7327086  "1.19" ns  1 2 3 
f010311  1.4651668 1.1290179 1.9002631 "1.47 **" s  3 2 2 
f010321  1.7943022 1.2683576 2.5200254 "1.79 ***" s  4 2 1 
sex12  1.1614532 0.9089319 1.4852303  "1.16" ns  1 3 7 
alter3gr12 1.1143240 0.8228899 1.5159289  "1.11" ns  1 3 6 
alter3gr22 1.0179194 0.7411147 1.4032116  "1.02" ns  1 3 5 
ses3_neu212 1.2271544 0.9002163 1.6913440  "1.23" ns  1 3 4 
ses3_neu222 1.6178685 1.1085687 2.3713724 "1.62 *" s  2 3 3 
f010312  1.5175505 1.1722055 1.9637617 "1.52 **" s  3 3 2 
f010322  2.0459773 1.4624682 2.8472016 "2.05 ***" s  4 3 1 
sex13  0.6712958 0.4647907 0.9638335 "0.67 *" s  2 4 7 
alter3gr13 1.2343442 0.7809696 1.9911347  "1.23" ns  1 4 6 
alter3gr23 1.1335450 0.7068902 1.8517144  "1.13" ns  1 4 5 
ses3_neu213 1.1521867 0.7230082 1.9049441  "1.15" ns  1 4 4 
ses3_neu223 1.8294885 1.0694548 3.1988430 "1.83 *" s  2 4 3 
f010313  1.2280278 0.8363800 1.7952537  "1.23" ns  1 4 2 
f010323  1.8262125 1.1282033 2.8955135 "1.83 *" s  2 4 1 

'data.frame': 42 obs. of 8 variables: 
$ OR : num 1.325 1.054 0.704 1.327 2.004 ... 
$ lower: num 1.074 0.808 0.537 1.027 1.439 ... 
$ upper: num 1.637 1.375 0.921 1.713 2.801 ... 
$ p : Factor w/ 40 levels "0.7 *","0.89",..: 5 3 1 4 7 6 8 12 13 10 ... 
$ pa : Factor w/ 2 levels "ns","s": 2 1 2 2 2 2 2 1 1 1 ... 
$ shape: chr "3" "1" "2" "2" ... 
$ grp : Factor w/ 6 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 ... 
$ xpos : Factor w/ 8 levels "1","2","3","4",..: 7 6 5 4 3 2 1 7 6 5 ...

Различные модели обозначаются «колонке» ВРП, предсказатели по колонке «XPOS».

Это, как я рисую ggplot:

plotHeader <- ggplot(finalodds, aes(y=OR, x=xpos, alpha=pa, colour=grp))+ 
    geom_point(position=position_dodge(-modelPlotSpace)) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper), position=position_dodge(-modelPlotSpace)) + 
    geom_text(aes(label=p, y=upper), position=position_dodge(width=-modelPlotSpace), hjust=-0.1) + 
    scale_x_discrete(labels=axisLabels.y) + 
    scale_y_log10(limits=c(lower_lim, upper_lim), breaks=ticks, labels=ticks) + 
    coord_flip()

Однако, в сюжете, порядок моделей изменения практически для любых х-положения (предсказатель). Кто-нибудь знает, почему? Я хотел бы иметь тот же порядок мои ИЛИ значения для каждых х позиций ...

Multiple glm's with changing order of ORs

В случае, если вы хотите воспроизвести какие-либо примеры, вы можете скачать R-скрипт sjPlotOddsMultiple.R здесь , В заголовке скрипта приведен пример. Если вы запустите этот пример с sjp.glmm(fitOR1, fitOR2, fitOR3), все будет выглядеть нормально. Однако, если вы измените порядок параметров на sjp.glmm(fitOR1, fitOR3, fitOR2), возникает проблема.

Заранее спасибо Daniel

источник

2014-01-21 Daniel

Я не могу воспроизвести пример: 'sju.wordwrap' не определен. – tonytonov

Я бы рекомендовал лишить ваш 'plotHeader <-' вызов ненужных деталей, которые относятся к неопределенным данным. Это было бы намного проще, чем поиск вашего сценария, который довольно велик. – tonytonov

Извините, я не узнал, что sju.wordwrap отсутствует, так как он является частью моего пакета и уже загружен. Я обновил скрипт и загрузил его сейчас. Я также немного очистил этот пример, но оставил параметр position-dodge, потому что я не знаю, может ли это повлиять на возникающую проблему? – Daniel

Вот минимальный пример (finalodds принято, как указано выше):

ggplot(finalodds, aes(y=OR, x=xpos, alpha=pa, colour=as.factor(grp))) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper), position=position_dodge(-0.4), width=0, size=0.8) + 
    scale_alpha_manual(values=c(1,1), guide="none")

enter image description here

Правильный порядок восстанавливается путем изменения alpha и colour ИСЗ:

ggplot(finalodds, aes(y=OR, x=xpos, colour=as.factor(grp)), alpha=pa) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper), position=position_dodge(-0.4), width=0, size=0.8) + 
    scale_alpha_manual(values=c(1,1.0), guide="none")

enter image description here

источник

2014-01-21 14:24:27 tonytonov

Поскольку x-масштаб дискретный, вы не можете указывать числовые значения. Вот почему я должен использовать факторы. Я загрузил сценарий, который также содержит пример кода в заголовке скрипта (см. Мои изменения внизу моей начальной публикации). Вы можете воспроизвести там ошибку ... – Daniel

Опасно напоминать комментарий, а не ответ. Expand. –

Я рассмотрю отредактированный пример и скоро раскроюсь. – tonytonov

R - странный порядок геометрий в ggplot2

ответ

Смежные вопросы