2015-08-25 3 views
0

У меня есть dataframe под названием mydf, содержащий 4 разных столбца. Я хочу преобразовать это в формат, который принимается Mfuzz package для создания кластера. Я хочу увидеть кластер sample1, sample2 и sample3. Как преобразовать mydf в формат, используемый в Mfuzz?Преобразование формата данных для пакета R Mfuzz

mydf 

    s. no sample1 sample2 sample3 
    1  0.003 0.9  11.3 
    2  0.003 1.9  33.3 
    3  0.004 2.9  3.4 
    4  0.005 2.0  44.4 
    5  0.004 2.3  43.4 
+1

Вы можете проверить [здесь] (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc /ExpressionSetIntroduction.pdf) для преобразования в класс ExpressionSet. – akrun

ответ

2

Я надеюсь, что этот маленький пример полезен

set.seed(42) 
mydf = data.frame(A=rnorm(10),B=runif(10),C=rpois(10,l=1)) 
test = new('ExpressionSet', exprs=mydf) # fails 
test = new('ExpressionSet', exprs=as.matrix(mydf)) # works 
t.cl = mfuzz(test,c=3,m=1.25) 
mfuzz.plot(set,cl=t.cl, mfrow=c(2,2)) 
Смежные вопросы