Как расширить метод S3 из другого пакета без загрузки пакета

Question

Я разрабатываю пакет, который имеет функцию forecast.myclass. Я хочу, чтобы эта функция прекрасно работала с пакетом forecast. То есть когда forecast пакет загружен, код forecast(object) должен позвонить forecast.myclass из моего пакета.

Поскольку мне нужно только родовое определение forecast из пакета forecast, и я не использую любые другие функции из пакета forecast я не хотел, чтобы включить его в Depends. Поэтому я определить общий в моем пакете следующим образом:

##' 
##' @export 
forecast <- function(object,...) UseMethod("forecast") 

##' @rdname forecast.midas_r 
##' @method forecast midas_r 
##' @export 
forecast.midas_r <- function(object,newdata=NULL,method=c("static","dynamic"),insample=get_estimation_sample(object),...) { 

Теперь все работает, как ожидается, когда пакет forecast не загружен. Но когда я загружаю пакет forecast, то forecast.midas_r не вызывается, когда forecast(object), где object имеет класс midas_r. Как мне решить эту проблему?

Answer 1

Проблема заключается в том, что ваше определение генератора forecast маскирует определение из пакета прогноза, а ваш метод связан с вашим общим, а не с общим пакетом прогнозов; это всего лишь сложный экземпляр двух пакетов, определяющих функции с тем же именем. Решение состоит в том, чтобы укусить пулю и зависеть: от прогноза или когда в командной строке, а также ваш пакет и прогноз подключены, полностью разрешить функцию mypackage::forecast() или импортировать: прогноз, но не сделать общий доступ к прогнозу конечным пользователям, кроме как имея их require(forecast) (это может быть уместно, если функциональность forecast была чем-то периферической для вашего пакета, например, построение графика в 3D при построении графика в 2D).

Для того, что стоит, метод S4 в PkgB, определенный и экспортированный на импортированный S4 generic из PkgA, неявно предоставляет пользователю S4 общий характер, поэтому общий доступ доступен, даже если Imports: PkgA указан в файле DESCRIPTION PkgB.

Answer 2

Одним из возможных решений является принудительный экспорт прогноза.midas_r. Это означает, что вручную обновляется NAMESPACE с export(forecast.midas_r) каждый раз после check("yourpackagename").

Что это такое, делает forecast.midas_r видна для упаковки прогноз. Если forecast.midas_r не экспортируется и существует только в пространстве имен пакета, то при загрузке пакета общий forecast заменяется на идентичную функцию из пакета прогноз. Поэтому, когда forecast вызывается на неизвестном объекте, R ищет соответствующие методы в пакете прогноз и вообще рабочее пространство. Поскольку forecast.midas_r является частным методом, R не находит его и создает ошибку.

Это не идеальное решение, так как вам необходимо вручную обновить NAMESPACE, но это решение тем не менее.

Answer 3

Я не уверен, что это простое решение. Как говорили другие, возможно, проще всего использовать Depends, чтобы обойти это, а не переопределять общий метод.

Вот простой пример, который работает для меня. Это во многом то же самое, что и ваше решение, но объявление @export означает, что вам не нужно вручную обновлять файл NAMESPACE.

##' @name mean 
##' @export mean.newClass 
##' 
##' @method mean newClass 
##' 
##' @title mean for \code{newClass} object 
##' @param x A \code{newClass} object 
##' @param ... Additional arguments 
##' 
mean.newClass <- function(x, ...){ 
    stopifnot(class(x)=="newClass") 
    return(42) 
} 

Then package.skeleton("newPkg"). Поместите файл mean.R с указанным выше содержимым в каталог /R пакета.

Убедитесь, что вы находитесь в уровне каталога 1 ниже, а затем

roxygenize("newPkg", roxygen.dir="newPkg", copy.package=F, unlink.target=F) 

Теперь

library(devtools) 
dev_mode(on=TRUE) ### don't want to have to uninstall the package later 
install_local("newPkg") 
library(newPkg) 
x <- c(1,2) 
class(x) <- "newClass" 
stopifnot(mean(x)==42) 
stopifnot(mean(unclass(x))==1.5) 

Я понимаю, что mean функция в base, но я проверил это для изменения обобщенных функций в других местах дать им новый метод, поэтому он должен распространяться и на ваш более общий случай.