Вызов Cygwin внутри R

Question

Я пытался вызвать Cygwin изнутри R с помощью следующей команды:

shell("cd C:\\cygwin\\bin & bash --login -i testfile2.txt", intern = T) 

В Cygwin Я пытался вызвать другую программу (церковь). Invokation находится в testfile2.txt и выглядит следующим образом:

/cygdrive/c/cygwin/home/$USER/jschurch/bher /cygdrive/c/cygwin/home/$USER/foo.church > /cygdrive/c/cygwin/home/$USER/output.txt 

Однако, я получаю следующее сообщение об ошибке:

> shell("@echo on & cd C:\\cygwin\\bin & bash --login -i testfile2.txt", intern = T) 
[1] "bash: cannot set terminal process group (-1): Inappropriate ioctl for device"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
[2] "bash: no job control in this shell"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
[3] "Unhandled exception:"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
[4] " Condition components:"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
[5] " 1. &error"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
[6] " 2. &who: expander"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
[7] " 3. &message: \"cannot locate library in library-path\""                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
[8] " 4. &library-resolution:"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
[9] "  library: (scheme-tools srfi-compat :1)"                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
[10] "  files: (\"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.sls\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.ss\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.scm\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.sls\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.ss\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.scm\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.sls\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.ss\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.scm\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.sls\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.ss\" \"./scheme-tools/srfi-compat/%3a1.scm\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.sls\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.ss\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.vicare.scm\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.sls\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.ss\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1/main.scm\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.sls\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.ss\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.vicare.scm\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.sls\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.ss\" \"/usr/local/lib/vicare/scheme-tools/srfi-compat/%3a1.scm\")" 

Может кто-нибудь объяснить мне, как справиться с этой проблемой?

Спасибо, David

Answer 1

использовать команду c:\cygwin\bin\run.exe для запуска Cygwin процессов из окон. Это должно устранить проблему.

run [ -p path ] command [ -wait ] arguments

С -p путь вы можете добавить путь к переменной PATH среды.