Объединить несколько файлов различной длины из папки

Для всех моих файлов в папке miraligner Я хотел бы объединить столбцы, как показано в моем примере. Я хотел бы объединить столбцы c («mir», «seq», «mism», «add», «t5», «t3») как имена ростов на выходе и "freq" в виде столбцов из соответствующих входных файлов. Я не знаю, как сделать это для нескольких входных файловОбъединить несколько файлов различной длины из папки

> setwd("~/miraligner/") 
> file_list <- list.files(pattern = "*.mirna") 
> head(file_list) 

[1] "1_JH_F12_S41.mirna" "107_MAE_E7_S11.mirna" "108_IME_A8_S23.mirna" "109_GW_B11_S27.mirna" "111_PH_H1_S77.mirna" 
[6] "116_TH_E6_S10.mirna" 

> head(1_JH_F12_S41.mirna) 
         seq   name freq    mir start end mism add t5 t3  s5  s3 DB 
1 TGGAGTGTGATAATGGTGTTT seq_100003_x4 4 hsa-miR-122-5p 15 35 11TC  0 0 g GCTGTGGA TTTGTGTC miRNA 
2 TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT seq_100045_x4 4 hsa-miR-30d-5p  6 29 17CT  0 0 CT TTGTTGTA GAAGCTGT miRNA 
3 CTAGACTGAAGCTCCTTGAAAA seq_100048_x4 4 hsa-miR-151a-3p 47 65 0 I-AAA 0 gg CCTACTAG GAGGACAG miRNA 
4 AGGCGGAGACTTGGGCAATTGC seq_100059_x4 4 hsa-miR-25-5p 14 35 0  0 0 C TGAGAGGC ATTGCTGG miRNA 
5 AAACCGTTACCATTACTGAAT seq_100067_x4 4 hsa-miR-451a 17 35 0 I-AT 0 gtt AAGGAAAC AGTTTAGT miRNA 
6 TGAGGTAGTAGCTTGTGCTGTT seq_10007_x24 24 hsa-let-7i-5p  6 27 12CT  0 0 0 TGGCTGAG TGTTGGTC miRNA 
    precursor ambiguity 
1 hsa-mir-122   1 
2 hsa-mir-30d   1 
3 hsa-mir-151a   1 
4 hsa-mir-25   1 
5 hsa-mir-451a   1 
6 hsa-let-7i   1

выход

ID             freq_file1 freq_file2 freq_file3 
hsa-miR-122-5p_TGGAGTGTGATAATGGTGTTT_11TC_0_0_g  4   2   12 
hsa-miR-30d-5p_TGTAAACATCCCCGACCGGAAGCT_17CT_0_0_CT 4   12   5

Это мой старт:

my.list <- lapply(X = my.file.list, FUN = function(x) { 
    read.table(x, colClasses = c("seq", "NULL", "NULL", "mir","NULL","NULL","mism","add","t5","t3","NULL","NULL","NULL","NULL","NULL"), sep = "\t")[,1] 
})

источник

2016-03-19 user2300940

Да, но это произошло неправильно. Я удалю его – user2300940

Если столбцы могут быть одинаковыми во всех файлах, тогда начните с 'input <- lapply (file.list, read.table, stringsASFactors = FALSE, <и других соответствующих параметров>); fullset <- do.call (rbind, input) '. Закончите, вставив нужные столбцы и 'cbind'-ing в' freq' –

Я не получил вашу последнюю часть? Как преобразовать rbind в формат cbind? – user2300940

Что я хотел бы сделать это следующим образом:
читать каждый файл в data.frame,
удалять ненужные столбцы, (x.column <- NULL) затем использовать функции слияния, чтобы добавить столбцы, где требуется

help(merge)

, убедившись в использовании правильных «все» параметры (т.е. вы хотите сохранить freq из строки второго файла, даже если строка не существует в вашем первом файле или нет?)

источник

2016-03-20 02:47:27 wotter

Объединить несколько файлов различной длины из папки

ответ

Смежные вопросы