пустая страница при построении графика сети с использованием пакета d3Network

Question

Я пытаюсь построить график сети, используя пакет d3Network. Я попытался организовать данные в соответствии с инструкциями, как они появляются на package website (и странице справки), но я все равно получаю пустую веб-страницу. Может ли кто-нибудь определить, что я делаю неправильно?

library(d3Network) 

g.top3000 <- structure(list(from = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 5L), .Label = c("afghanistan", "attack", 
"people", "pres_bush", "taliban"), class = "factor"), to = structure(c(4L, 
1L, 5L, 2L, 3L, 1L, 5L, 2L, 3L, 5L, 2L, 3L, 2L, 3L, 3L), .Label = c("people", 
"taliban", "united_states", "attack", "pres_bush"), class = "factor"), 
    weight = c(4, 3, 2, 6, 5, 5, 2, 3, 6, 1, 1, 5, 2, 4, 4)), .Names = c("from", 
"to", "weight"), row.names = c(NA, -15L), class = "data.frame") 

top3000.nodes <- structure(list(name = structure(1:5, .Label = c("afghanistan", 
"attack", "people", "pres_bush", "taliban"), class = "factor"), 
    id = c(1, 1, 1, 2, 2)), .Names = c("name", "id"), row.names = c(NA, 
-5L), class = "data.frame") 

d3ForceNetwork(Links = g.top3000, Nodes = top3000.nodes, Source = "from", Target = "to", 
Value = "weight", NodeID = "name", Group = "id", width = 800, height = 400, opacity = 0.9, 
    file = "projekt2_terror_news_force.html") 

Plotting простой граф работает просто отлично

d3SimpleNetwork(g.top3000, width = 800, height = 400, fontsize = 12, linkDistance = 200, 
    file = "projekt2_terror_news.html") 

Answer 1

Это потому, что

1. Нет входа в "едином статусе" в списке узлов.
2. Возможно, вам придется использовать числовой индекс вместо имени узла.

---

# add entry "united status" 
top3000.nodes <- rbind(top3000.nodes, data.frame(name = "united_states", id = 3)) 

# from name to index 
g.top3000$from2 <- sapply(as.character(g.top3000$from), function(x) which(x == top3000.nodes$name))-1 
g.top3000$to2 <- sapply(as.character(g.top3000$to), function(x) { 
    i <- which(x == top3000.nodes$name) 
    if (length(i)) i else NA 
    }) -1 

# use indices in "from2" and "to2" 
d3ForceNetwork(Links = g.top3000, Nodes = top3000.nodes, Source = "from2", Target = "to2", 
Value = "weight", NodeID = "name", Group = "id", width = 800, height = 400, opacity = 0.4, 
    file = "projekt2_terror_news_force.html", linkDistance = 200)