Я испытываю ту же проблему rJava, что многие другие люди, похоже, были в какой-то момент. Ошибка возникает, когда R CMD INSTALL проверяет, могут ли быть скомпилированы программы JNI.rJava не удается установить (MacOS, Red Hat)
Выход рекомендует запустить R CMD javareconf -ed или sudo R CMD javareconf Выход последнего является:
computer: home$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.6.0_31
Java home path : /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path:
JNI linker flags : -framework JavaVM
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.
И при попытке установить rJava впоследствии,
computer: home$ R CMD INSTALL ~/Downloads/rJava_0.9-4.tar.gz
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *source* package ‘rJava’ ...
checking for gcc... gcc -arch x86_64 -std=gnu99
checking for C compiler default output file name... a.out
/* Passes all checks */
configure: checking whether gcc -arch x86_64 -std=gnu99 supports static inline...yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/include'
java libs : '-framework JavaVM'
checking whether JNI programs can be compiled... configure: error: Cannot compile a simple JNI program. See config.log for details.
Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rJava’
Альтернативой попытка где /usr/bin/javac заменяется /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/CurrentJDK/Home терпит неудачу все равно.
Я бегу Mac OS 10.7.3 и
computer: home$ java -version
java version "1.6.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_31-b04-415-11M3646)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.6-b01-415, mixed mode)
Ниже в моем .bash_profile
export JAVA_HOME=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
Кроме того, у меня такая же проблема на Red-Hat. Я надеюсь, что любое исправление будет работать там тоже, но если это не так, и почему это не будет известно, объясните, пожалуйста.
Я использую невероятную базу знаний этого сайта уже пару лет, но это мой первый пост. Mucho благодарит заранее.
Некоторые (не все) ресурсы, которые я уже просмотрел являются
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2008-November/051224.html
- https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-October/177688.html
- R: rJava package install failing
Пожалуйста, обратите внимание, что apt-get решение в последней ссылке есть бесполезно для меня (я думаю), если нет решения equiv для port и/или yum.
AFAIK OS X 10.7 не поставляется с JDK больше. Возможно, вам нужно [скачать] (http://connect.apple.com) и установить его вручную. – fotNelton
Это сделало. В частности, я перешел к ссылке, которую вы предоставили, установил JDK, установил '' JAVA_HOME =/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0_33-b03-424.jdk/Contents/Home'', ввел '' R CMD javareconf -ed '', а затем установили rJava из командной строки. Большое спасибо. – artdv
Получил его работу в Red Hat. '' экспортировать JAVA_HOME =/etc/alternatives/java_sdk_openjdk'' в '' .bash_profile'' и, кроме того, '' sudo yum install R-devel.x86_64 '', за которым следует '' sudo R CMD javareconf'' и '' R CMD INSTALL'' – artdv