Подключение к Ensembl через biopython

Question

Я только что присоединился к работе python и biopython и хотел подключить Ensebml и получить некоторые последовательности и другие данные, такие как TSS, список некоторых генов и т. Д. Но моя проблема в том, что я не могу найти любой метод или модуль в biopython для этого. Я знаю, что это очень обычная процедура в perl с использованием API Ensembl. Я очень признателен, если кто-то скажет мне или назовет меня документом, чтобы узнать, как это делается в биопитоне. спасибо

Answer 1

В BioStar есть a similar question and a few answers.

Answer 2

Вам необходимо использовать и установить модуль pyCogent. Тогда конкретный бит делать с Ensembl здесь: http://pycogent.org/examples/query_ensembl.html

В зависимости от того, что вы хотите сделать, вы можете предпочесть использовать REST API из Ensembl, который здесь: http://beta.rest.ensembl.org