Один из вариантов использует удаленный отладчик, поэтому вы можете добавить подключаемую программу к удаленному отладчику Eclipse (см. http://www.pydev.org/manual_adv_remote_debugger.html). Единственное, что здесь нужно, это создать соединение из контейнера с хостом.
Другая вещь, которая может работа (как в: Я никогда не проверял) создает интерпретатор, который всегда работает внутри грузчиком ... переводчик в PyDev может быть любой исполняемый файл (например, .sh), поэтому вы можете попробовать создать скрипт, который будет запускать python внутри докера по умолчанию (хотя, поскольку я никогда не тестировал это, я не могу сказать, насколько хорошо это сработает).